particolarmente rilevante fu l'attività incisoria che svolse a venezia. qui entrò in stretti rapporti con paolo veronese e con il tintoretto, che ne apprezzava grandemente l'abilità grafica. eseguì anche varie stampe tratte da quadri del correggio e federico barocci.

tra le ulteriori iniziative che si ricordano in questo campo vi è la realizzazione, presumibilmente tra il 1590 e 1595, di alcune incisioni erotiche note come Lascivie. le stampe sono relative a soggetti mitologici o biblici ed hanno un contenuto sensuale che suscitò la decisa collera del papa clemente VIII.

la sua precoce conoscenza degli stili veneto e parmense fu probabilmente un rilevante stimolo sia per il cugino ludovico e ancor di più per il fratello annibale, influenzandone i futuri sviluppi artistici.

dopo il 1590 circa avvia la "comunione di san girolamo" (il suo capolavoro) ora conservata nella pinacoteca di bologna, dove predominano le citazioni colte di artisti come tiziano, tintoretto, paolo veronese, raffaello e parmigianino da cui riprende le eleganze stilistiche.

agostino carracci morì il 23 febbraio 1602 e fu sepolto nel duomo di parma. la città di bologna, con particolare coinvolgimento degli ambienti artistici, letterari ed accademici, gli tributò una solenne commemorazione funebre (nel gennaio del 1603)  rara all'epoca per un artista, come forse non se ne vedevano in italia dai tempi delle esequie di michelangelo.

mentre è riconosciuto il suo indubbio valore in campo grafico, in quello più strettamente pittorico agostino (pur ammirato dai suoi contemporanei) finì con l'essere schiacciato dalla soverchiante fama del fratello annibale. forse anche la stessa lunga pratica incisoria finì per svantaggiarlo, facendolo percepire più incline alla copia che all'ideazione. non mancano però segnali di una rivalutazione critica anche in quanto pittore.