Sarà però con Bonifacio de’ Pitati, titolare in laguna di uno degli studi più organizzati e produttivi del momento, che Jacopo approfondirà la propria formazione, ottenendo quell’attenzione che Tiziano, come si sa, non era propenso a fornire agli allievi. L’attività della bottega ebbe subito un incremento notevole; numerose le commissioni anche di affreschi, di pari passo con una maturazione della tecnica pittorica e con l’arricchimento del repertorio iconografico e tematico da parte di Jacopo.
La Fuga in Egitto del Museo Civico di Bassano risulta commissionata nel 1532, datata due anni più tardi e pagata nel 1537: si ravvisano qui i riferimenti al Vecellio e a Bonifacio, ma anche la precoce e del tutto autonoma capacità di Jacopo, nel primo piano di piante e fiori, nel paesaggio e nella resa pittorica delle figure, di trasferire la natura in una forma espressiva che esalta la resa oggettiva di persone e cose.
Del 1535 sono le tre tele a soggetto biblico, realizzate per il Palazzo pubblico di Bassano, dove all'influenza del maestro si unisce un'attenta resa del dato naturalistico, risentendo degli influssi di Tiziano e Lorenzo Lotto.
tra il 1540 e il 1550 esegue: Martirio di santa Caterina oggi nel Museo Civico di Bassano, la Decollazione del Battista di Copenaghen, con figure affilate e affusolate inserite in una scena rarefatta, l' Andata al Calvario, dove il paesaggio è ripreso dalle incisioni tedesche, la Natività di Hampton Court e il Riposo durante la fuga in Egitto di Milano.
Tra il 1550 e il 1560 realizza: l' Ultima Cena della Galleria Borghese di Roma dove riprende lo stile luministico del Tintoretto.