La nascita dell'Ordine risale agli anni intorno al 1050. Sarebbero stati alcuni mercanti dell'antica repubblica marinara di Amalfi ad ottenere dal Califfo d'Egitto il permesso per costruire a Gerusalemme una chiesa, un convento e un ospedale nel quale assistere i pellegrini di ogni fede o razza. L'Ordine di San Giovanni di Gerusalemme - la comunità monastica dedita alla gestione dell'ospedale per l'assistenza dei pellegrini in Terra Santa - divenne indipendente sotto la guida del Beato Gerardo Sasso. Con la bolla del 15 febbraio 1113, Papa Pasquale II, approvò la fondazione dell'Ospedale e lo pose sotto la tutela della Santa Sede, con diritto di eleggere liberamente i suoi capi, senza interferenza delle altre autorità laiche e religiose. In virtù di tale bolla l'Ospedale divenne Ordine esente dalla Chiesa.

La costituzione del Regno di Gerusalemme ad opera dei crociati costrinse l'Ordine ad assumere la difesa militare dei malati, dei pellegrini e dei territori sottratti dai Crociati ai Mussulmani. L'Ordine divenne insieme religioso e militare. Tutti i Cavalieri erano religiosi, legati dai tre voti monastici, di Povertà, di Castità e d'Obbedienza.

Successivamente fu adottata la bianca Croce Ottagona che ancora oggi rappresenta il simbolo giovannita. Alla missione ospedaliera si aggiunse il compito di difesa della cristianità.

Già Goffredo di Buttiglione Re di Gerusalemme, durante la prima Crociata nel 1100 aveva affidato la custodia del Santo Sepolcro di Cristo ad un corpo scelto, organizzandolo come Ordine militare di cinquanta Cavalieri-frati che dovevano osservare la regola di S. Agostino e recare obbedienza al Patriarca (in "Gerusalemme liberata" Canto IX, 1581: "Son cinquanta guerrier che in puro argento, spiegan la trionfal purpurea croce"). Infatti la croce con i quattro bracci terminanti a forma di T, accantonata da altre quattro piccole croci rosse, è quella detta araldicamente "potenziata".

Dopo la perdita dell'ultimo baluardo in Terra Santa nel 1291, l'Ordine si stabilì prima a Cipro e poi dal 1310, sotto la guida del Gran Maestro Fra' Foulques de Villaret, nell'isola di Rodi.

Da quel momento la difesa del mondo cristiano imponeva l'esistenza di una forza navale e l'Ordine costruì una potente flotta e cominciò a solcare i mari orientali, impegnandosi a difendere la Cristianità in numerose e celebri battaglie tra cui le Crociate in Siria e in Egitto.
Fin dagli inizi l'indipendenza dagli altri Stati, in virtù di atti pontifici, insieme con il diritto, universalmente riconosciuto, di mantenere ed impegnare forze armate, costituì la base della sovranità internazionale dell'Ordine.
I membri dell'Ordine che giungevano a Rodi da ogni parte d'Europa e le istituzioni dell'Ordine in Europa si raggrupparono fin dall'inizio del quattordicesimo secolo in Lingue.
Dapprima erano sette: Provenza, Alvernia, Francia, Italia, Aragona (Navarra), Inghilterra (con Scozia e Irlanda) e Alemagna. Nel 1492 Castiglia e Portogallo si separarono dalla Lingua d'Aragona, costituendo l'ottava Lingua. Ogni Lingua comprendeva i Priorati o Gran Priorati, i Baliaggi e le Commende.

L'Ordine era governato dal Gran Maestro (Principe di Rodi) e dal Consiglio, batteva moneta e intratteneva rapporti diplomatici con gli altri Stati. Le altre cariche dell'Ordine venivano attribuite ai rappresentanti delle diverse Lingue: la sede dell'Ordine, il Convento, era composto da religiosi di varia nazionalità.

Dopo sei mesi di assedio e di cruenti combattimenti con la flotta e l'esercito del Sultano Solimano il Magnifico, nel 1523 i Cavalieri furono costretti ad arrendersi, abbandonando l'isola di Rodi con gli onori militari.
L'Ordine rimase senza territorio per alcuni anni, fino a quando, nel 1530, il Gran Maestro fra' Philippe de Villiers de l'Isle Adam prese possesso dell'isola di Malta, ceduta all'Ordine dall'Imperatore Carlo V con l'approvazione di Papa Clemente VII.
Fu stabilito che l'Ordine sarebbe rimasto neutrale nelle guerre tra nazioni cristiane.
Nel 1565 i Cavalieri, guidati dal Gran Maestro fra' Jean de la Vallette (che dette il nome alla capitale dell'isola di Malta, Valletta), difesero l'isola dall'attacco e dal Grande Assedio Turco (durato oltre tre mesi).

La flotta dell'Ordine, considerata una delle più potenti del Mediterraneo, contribuì alla distruzione definitiva della potenza navale degli Ottomani nella battaglia di Lepanto del 1571.

Nel 1798, Napoleone Bonaparte, impegnato nella campagna d'Egitto occupò l'isola di Lepanto costringendo però i Cavalieri ad abbandonarla, avvalendosi della Regola dell'Ordine che impediva loro di alzare le armi contro altri cristiani. Nel 1800 gli Inglesi occuparono Malta e, nonostante fossero riconosciuti i diritti sovrani dell'Ordine su Malta con il Trattato di Amiens (1802), l'Ordine non ha mai potuto fare ritorno a Malta.

Seguire le tracce del Santo Sudario - dalla sua preistoria orientale, alla presunta presenza a Costantinopoli all'epoca della quarta crociata, fino alla ricomparsa documentata in Europa - significa addentrarsi in una ricerca che a tratti assume i sapori del giallo internazionale e spesso evoca atmosfere da epopea cavalleresca, dove si è costretti, nell'analisi critica delle fonti, a discernere tra il vero ed il falso, tra il probabile ed il verosimile, in un intreccio di pellegrini oranti, documenti canonici, discendenti di crociati, preti, dame, Cavalieri Templari, atti processuali e monaci Teutonici.