Nessuna notizia certa esiste circa la data di fondazione di S. Marco: le sue origini sono avvolte nel mistero e nel silenzio più profondi. Un'antica tradizione però, racconta che nel 1228, Federico II, capo supremo della sesta crociata, avendo presa Gerusalemme, liberò molti cristiani fatti prigionieri nelle crociate precedenti; parecchi di essi seguirono il re in Puglia, e, con il suo permesso, si fermarono sulla collina dove ora sorge il paese di San Marco e vi costruirono con le loro abitazioni anche una chiesetta dedicata all'evangelista San Marco. A questa tradizione si intreccia un'altra leggenda, secondo la quale gli ex prigionieri avrebbero portato da Gerusalemme un bassorilievo (di pittore tardo-bizantino) della Madonna, e precisamente quello che attualmente si venera col titolo di Santa Maria di Giosafat nella chiesa annessa al Convento dei Cappuccini. Nel 1369 Il borgo si trova citato per la prima volta in un documento come comunità autonoma.
I numerosi pellegrinaggi dovuti al famoso miracolo della madonna di Giosafat e le offerte innumerevoli di monili d'oro costituiscono ancora oggi il così detto "oro della madonna". Nel 1900 il sindaco del tempo richiamò i cappuccini in seguito al decreto di soppressione di tutti gli ordini religiosi. Infatti, i continui pellegrinaggi e il popolo stesso di san Marco, che accorreva numeroso al convento, richiedevano un maggior numero di frati. Abbandonato nel 1867, nel marzo del 1901 il convento venne riaperto ufficialmente al culto. Anche Padre Pio, durante i suoi viaggi, soggiornò a San Marco dal 1905 al 1906 e poi nell' Aprile e Maggio del 1918.

Stemma di San Marco dal 1896

La vita di San Marco ha avuto inizio in modo concreto e si è fissata definitivamente nella storia delle istituzioni civili, sociali ed economiche della zona, con la fondazione del suo convento costruito nel 1585 sulla cima di un colle alto 520m. sul l.m. Poco distante da San Marco esisteva una modesta cappella dedicata al martire San Lorenzo.
La sua fondazione fu voluta dal marchese Pignatelli, allora padrone del paese (dopo che era stata data in feudo nel 1381 alla famiglia Sant'Agapito e nel 1505 ai Gaitani d'Aragona): egli chiamò i cappuccini perché ufficiassero quotidianamente nella nuova chiesetta ad onore della miracolosa madonna. In seguito, a spese dello stesso Pignatelli, venne ampliata la chiesetta che assunse, poi, il nome di Convento. Nel 1605-11 inoltre viene costruita la Parrocchiale, con altari coevi del '700.