La recente scoperta (1993-1994) della grande cripta semianulare sottostante la parte presbiteriale (adytum) dell'abside centrale, conferma la straordinaria importanza che la basilica vulturnense dovette avere per l'abate Giosuè e per i suoi immediati successori.
La sequenza delle pitture decorative e quello che sopravvive delle rappresentazioni figurative evidenziano la funzione che aveva, nell'ambito liturgico monastico, il complicato corridoio che immetteva alla piccola cella, a forma di croce latina, dove erano sistemati i reliquiari, forse, dei Santi fondatori del monastero di San Vincenzo o addirittura dello stesso martire di Saragozza.

Alla cripta si poteva accedere da aperture
poste al di sotto  del  presbiterio, dalla 
parte  delle  navate  laterali,  con  dei 
portali a sesto  pieno  che,  mediante una 
scalinata  di  pochi  gradini,  immetteva
in questo spazio semicircolare.
Nell'immagine a fianco viene ricostruita 
proprio una delle  entrate  alla  cripta, 
in particolare quella della navata destra.