La cripta dell'Abate Epifanio è situata  
nella chiesa di Santa Maria in Insula,
nella parte absidale, ed è a  forma di
croce latina. Nella cripta si ipotizza
fosse posta la sepoltura dell'abate da
cui prende il nome  ed il  ciclo degli
affreschi  è  permeato  della profonda 
influenza  che  sulla  cultura  del
monastero ebbero la  figura dell'Abate 
Ambrogio  Autperto  ed  i  suoi studi
sull'Apocalisse di San Giovanni.
Nelle ricostruzioni viene visualizzato
solo l'aspetto volumetrico della cripta.