I Malice Mizer nascono nel 1992 da un'idea di Mana. Inizialmente il gruppo è composto da Mana, Közi, entrambi alla chitarra o al sintetizzatore, Yu~ki al basso, Gaz alla batteria e Tetsu come vocalist. Il suond dei Malice Mizer in questo periodo è un mix tra lo stile goth degli anni 80 e la musica classica, ed è caratterizzato dall'uso di due chitarre che suonano diverse melodie, creando così una polifonia.

La prima canzone pubblicata dal gruppo è Speed of desperate, contenuta in Brain Trash, album del 1993. Ma già prima di questo era stato rilasciato un pezzo, solo strumentale, intitolato Sans logique.
Dopo l'uscita di Brain Trash, il batterista Gaz lascia il gruppo per entrare a far parte degli Kneulid romance. Il nuovo batterista dei Malice Mizer sarà Kami, colui che ha lasciato il posto a Gaz negli Kneulid Romance. nel 1994 la band realizza il suo primo album, Memoire, pubblicato dall'etichetta Midi:nette, fondata proprio da Mana, leader del gruppo. Memoire verrà ripubblicato presto (con il nuovo titolo Memoire DX), con l'aggiunta di una bonus track, intitolata Baroque. Solo pochi giorni dopo Tetsu lascerà i Malice Mizer.

Nel 1995, dopo un anno di inattività, Mana conosce Gackt, che entra a far parte del gruppo come nuovo vocalist. La musica dei Malice Mizer dienta così più romantica, incorporando influenze classiche e pop music francese. Cambia anche il look dei membri del gruppo: vengono abbandonati i costumi goth, per lasciare spazio a vestiti storici molto colorati.
Nel 1996 viene pubblicato il secondo album, Voyage ~sans retour~. La band diventa sempre più famosa e nel 1997 firma un contratto con la Nippon Columbia, importante casa discografica giapponese, che produrrà diversi singoli di successo, un cortometraggio (Bel Air), e, nel 1998, l'album Merveilles. Nel gennaio del 1999 Gackt lascia i Malice Mizer, iniziando la carriera solista. Il gruppo torna a lavorare con l'etichetta Midi:nette.
Qualche mese dopo il batterista Kami muore per un'emorragia cerebrale. Da questo momento i Malice Mizer non avranno più un batterista, ma lavoreranno con un musicista di supporto.

Tra la seconda metà del 1999 e il 2000, i Malice Mizer, pur senza un cantante ufficiale, pubblicano diversi singoli, e cominciano a lavorare a un nuovo album, collaborando con Klaha, leader della band visual kei/darkwave Pride of mind. Il colorato look pop viene abbandonato per un elaborato look funeral goth, e anche lo stile musicale cambia ancora: è ora un misto di musica classica, goth e heavy metal. L'ultimo album della band, Bara no seido, è del 2000, ed è seguito da uno spettacolare live.

I vari membri della band iniziano tutti carriere separate; Gackt intraprende la carriera solista, così come Klaha, anche se con scarso successo. Mana inizia un nuovo progetto, fondando i Moi dix Mois, mentre segue la carriera di stilista per la sua casa di moda Moi-même-Moitié, che produce abiti Gothic Lolita. Közi ha un pogetto da solista, pur facendo parte del gruppo Eve of Destiny.
In quanto a Tetsu, ha fatto parte di diversi gruppi e ha pubblicato un album da solista. L'unico di cui non si è sentito più parlare è Yu~ki, che ha scritto nel 2004 la canzone MEMENTO per Közi.