Se infatti la Disputa rappresenta la Verità rivelata da Dio, la Scuola riunisce in un tempio ideale (quello della Conoscenza, che non è la Sapienza), dinanzi alle divinità tutelari delle arti (Apollo) e dell'intelligenza (Minerva), quanto di meglio la razionalità dell'uomo abbia prodotto sulla speculazione intorno alla Verità. Una ricognizione che si è dipanata per secoli fra dubbi e incertezze e che pure è riuscita a cogliere almeno il riflesso dellAssoluto. E' infatti ancora questo il tema del contendere: la ricerca razionale del Vero. Altrimenti non si spiegherebbe perchè, al centro delle scena, Aristotele e Platone (che ha le fattezze di Leonardo da Vinci) indicano ognuno con un gesto diverso, sintesi delle proprie convinzioni filosofiche, la strada per raggiungere razionalmente il Vero. Così Platone, che tiene in mano il Timao, alza il dito al cielo per riferirsi al modo delle idee, mentre Aristotele, che porta con sè il libro dell'Etica, distende la mano verso il basso a significare che la chiave per conoscere la Verità si trova nell'indagine delle cose di questo mondo. Tutt'intorno, a gruppi, si raccologono scienziati e filosofi assolti nelle loro attività speculative. Così, sull'estrema sinistra, accanto al vecchio Zenone, Epicuro incoronato di pampini legge e annota un libro. Più in basso, Pitagora sicuramente scrive le proprie impressioni riguardo alla strana figura che compare sulla lavagna nera che gli è accanto. Si tratta di un diagramma che mostra sia i rapporti musicali (diatessaron, diapente e diapason), sia la cosiddetta deka, l'insieme dei numeri su cui doveva basarsi l'armonia dell'univesro. Va da sè che le teorie pitagoriche passarono nel pensiero platonico e da lì nel neoplatonismo rinascimentale, ovverosia fra le nozioni cui attinge sicuramente Raffaello. Ma Raffaello non si accontenta di citare le figure dei grandi filosofi fini a se stesse. L'urbinate si preoccupa di creare una sorta di continuità fra il passato ed il presente stabilendo dlle relazioni fra le grandi personalità a lui contemporanee e quelle dei gloriosi secoli trascorsi. Così, se Platone ha avuto in prestito il volto da Leonardo da Vinci, Michelangelo veste i panni di Eraclito al centro del proscenio, mentre il giovane dalle bianche vesti dietro la figura di Parmenide (o Senocrate o Aristosseno) è ancora una volta Francesco Maria della Rovere, presente anche nella Disputa. Sulla destra, Bramante presta atteggiamento e forme a Euclide e, forse in omaggio al grande architetto marchigiano artefice della sua fortuna (era stato lui a suggerire a Giulio II di chiamarlo), l'urbinate appone la propria sigla, R.V.S.M. ossia "Raphael Urbinas sua manu", sullo scollo della tunica del grande filosofo greco.
Zoroastro, dal canto suo, ha l'effigie di Pietro Bembo, accanto al quale non è difficile riconoscere lo stesso Raffaello e, forse, il Sodoma; di spalle Tolomeo, l'astrnomo e il geografo per eccellenza. Va notato, però, che allora si era soliti confondere lo scienziato alessandrino del II secolo d.C. con gli omonimi appartenenti alla dinastia dei Tolemaidi, ultimi eredi della grandezza dei Faraoni. Per tale disguido Raffaello lo raffigura con la corona in testa come se fosse un sovrano. M questo non vuol dire che l'urbinato non sia attento alle fisionomie dei grandi. Se Diogene, megro e disteso accanto alla proverbiale ciotola è uan ricostruzione di fantasia (ancorchè efficace), Socrate è la vivificazione dei busti marmorei che l'antichità ha tramandato fino al tempo di Raffaello.