Dopo questa incoronazione in attesa del nuovo re, la città di Napoli si era trasformata in un campo di battaglia, dal quale non si riconosceva l'amico dal nemico.
Ottone combatteva da gran guerriero ma alla fine venne sconfitto e fatto prigioniero e Carlo assicurando Giovanna che non  avrebbe corso nessun pericolo entrò in Castel Nuovo e con un sotterfugio riuscì a farla trasferire nel Castel dell'Ovo dove venne imprigionata e successivamente trasferita nel castello di Nocera e quindi nel castello di Muro di Lucania, dove l'attendeva una ben più dura prigionia.
Quando poi si seppe che Luigi d'Angiò stava armando un esercito per venire a prendere possesso di quel regno che gli spettava quale figlio adottivo di Giovanna, sembra che Carlo chiedesse consiglio a Luigi d'Ungheria sul modo di comportarsi con la regina e questi gli consigliasse di eliminarla.
Il 27 luglio del 1382, mentre Luigi d'Angiò varcava le Alpi con un esercito di 60.000 uomini, Carlo III di Durazzo gli comunicò ufficialmente la morte di Giovanna I di Napoli, ed affinché nessuno potesse dubitarne, il suo corpo fu portato a Napoli ed esposto in Santa Chiara.
Carlo III con alterne fortune  riuscì a mantenere il suo regno, anche grazie alla pestilenza che aveva decimato l'esercito di Luigi d'Angiò e alle successive diserzioni per mancanza di denaro.
Luigi d'Angiò morì a Bari il 20 settembre 1384 e lasciò in Provenza un figlio di appena sette anni, che fu proclamato re con il nome di Luigi II.
Nel luglio del 1385 Carlo III di Durazzo aveva avuto l'offerta dall'Ungheria di impossessarsi di quel trono, che alla morte di re Luigi era passato ad una sua figlia. Nonostante gli fosse stato sconsigliato lui volle partire e impose alla regina Maria di cedergli il regno.
Il 27 febbraio 1386 Carlo III di Durazzo moriva nel castello di Wisegrad in seguito ad un colpo di spada inferto dalla vedova di re Luigi e sua figlia, che lo avevano attirato in un tranello. I  suoi partigiani che erano a Buda vennero tutti trucidati e il regno fu ripreso dalla regina spodestata.
A Napoli la regina Margherita cercò di tenere nascosta la notizia il più a lungo possibile per potersi organizzare contro i suoi numerosi nemici, fra cui il papa da cui era stata scomunicata.