Con Pedro de Toledo si ebbe finalmente un vicerè che si impegnò costruttivamente nel compito di assestare il regno: don Pedro de Toledo ebbe un lungo periodo di governo, dal 1532 al 1553, durante il quale dimostrò di essere pienamente all'altezza dell'oneroso incarico. Egli riuscì ad imporre un ampio programma di ristrutturazione politica, a realizzare riforme conclusive nel campo delle giustizia e migliorare il piano economico. Si interessò fattivamente anche dei problemi urbanistici, dando alla città un nuovo assetto ed impulso edilizio. Nel 1536 venne in visita a Napoli Carlo V e si compiacque dell'opera del suo vicerè dandogli istruzioni per meglio migliorarla. Don Pedro de Toledo morì a Firenze il 2 febbraio 1553 dove fu sepolto nel locale Duomo e non nel monumentale sepolcro che si era fatto costruire nella chiesa di San Giacomo degli spagnoli, nell'attuale piazza Municipio.