La serie è ambientata nel primo decennio del XXI secolo. Il professor Haran Sozo, un grande scienziato terrestre trasferitosi su Marte, mette a punto un nuovo tipo di cyborg con volontà propria, chiamato meganoide.
Poco dopo la loro nascita i robot sfuggono al controllo del loro creatore ed occupano Marte uccidendo il Dottor Haran, sua moglie e il loro figlio più grande Ded. Si preparano quindi a trasformare in schiavi-robot tutti gli abitanti della Terra per estendere il dominio meganoide nell'intero universo.
Niente sembra poter fermare queste terribili macchine guidate dal potente Don Zauker, ma Banjo, il figlio più piccolo del dottor Haran, riesce a fuggire da Marte grazie al Daitarn 3, un potente robot trasformabile costruito anch'esso da suo padre, portando con sé una immensa quantità di oro estratto dalle miniere del pianeta.
Giunto sulla Terra installa, sotto la sua splendida villa in riva al mare e con l'aiuto di Garrison (il suo maggiordomo tuttofare), una base segreta ed un sofisticato sistema automatizzato per la manutenzione del suo robot.
Iniziano così le avventure del nostro eroe che, spinto dal suo odio verso i meganoidi e suo padre (loro creatore) - a cui attribuisce la colpa della morte di sua madre e suo fratello - riuscirà a salvare gli abitanti della Terra dal loro terribile destino ed a sconfiggere per sempre il terribile Don Zauker.

Koros, l'aiutante di Don Zauker decide di lanciare Marte contro la terra per distruggere tutti gli esseri umani, ma Haran Banjo, Garrison, Beauty, Reika e Toppy partono con dei razzi alla volta di Marte.
Banjo sfugge alle armate dei meganoidi lanciandosi verso il palazzo di Don Zauker. Lì trova Koros che lo assale ma ha la peggio; nel momento in cui Banjo sta per uccidere Koros, Don Zauker si risveglia dal suo sonno per combattere. Dopo un'estenuante battaglia Dozauker viene sconfitto ed i buoni possono fare ritorno sulla Terra.

Nella villa fervono i preparativi per la partenza; Reika è la prima a lasciare la casa, seguita da Toppy e da Beauty. Garrison è l'ultimo ad andarsene chiudendo i cancelli della villa.

Garrison attende alla fermata dell'autobus sotto una pioggia scrosciante, fissando la villa in cui si scorge ancora una luce accesa. Poi, battendo il piede per terra e grida al cielo: "1, 2, 3, Daitarn III".