La terra viene invasa dagli Izariti, un popolo extraterrestre giunto sulla Terra circa 200.000 anni prima. Tuttavia essi non riuscirono ad attuare il loro scopo: infatti mentre i terrestri si univano, formando delle comunità per migliorare le loro condizioni di vita e combattere contro i numerosi animali selvaggi, gli Izariti non vollero collaborare tra loro e da soli non riuscirono a salvarsi: molti furono uccisi e rimasero pochi superstiti.
Malconci com'erano e debilitati dalle condizioni atmosferiche poco adatte alla loro costituzione, furono costretti a ritirarsi nelle profondità marine. A distanza di migliaia di anni hanno ripreso il loro piano di conquista, a seguito dell'imminente collisione di Izar con un altro pianeta.
Gli Izariti guidati dal Capitano Brain coadiuvato dai vari ministri, sfruttano la loro avanzata tecnologia per creare i Mostri sintentici, orribili mostri risultato della combinazione di animali e vegetali con componenti meccaniche.
Nonostante il pericolo incombente, il prof. Kazuki, esimio scienziato giapponese, viene deriso ed ignorato dai membri del Congresso Mondiale, quando parla della presenza aliena sul nostro pianeta.
Il professore allora affida il destino del pianeta a due giovani guerrieri, il karateka Takeru e la figlia Mai, entrambi dotati di fantastici poteri che permettono loro di riunirsi in un solo essere formando l'invincibile Robot Magnetico Gackeen.

L'imperatore di Izar, dopo gli innumerevoli fallimenti dei suoi ministri, fa scattare l'autodistruzione della base Izarita sulla Terra...
La guerra, per ora, è finita, ma il gruppo di difesa terrestre all'interno della Divina Libertà non viene sciolto, in quanto pronto a difendere l'umanità da qualunque altra minaccia...