L'origine del nome si fa risalire a "Caput Castrorum" per l'esistenza di un grande castello, i cui resti sono visibili in località Ricetto; da altri a "Caput Pristinorum", con riferimento ai mulini che sorgevano numerosi sul corso del fiume Liri; da altri ancora a "Caput Pistrilla", quando il borgo era feudo di Crescenzo, per essere, sin dall'epoca di Carlo I d'Angiò, sede dell'esattore della Gabella del Passo. Nel 1283 Capistrello è tra i possedimenti di Oddo di Toucy e nel 1404 è feudo di Giacomo Orsini, quindi, dal Cinquecento, dei Colonna.

La tradizione locale vuole che il paese abbia avuto origine nel primo secolo dopo Cristo, dagli stazionamenti sorti durante i lavori per il prosciugamento del lago del Fucino, voluti dall'imperatore Claudio.

Il nome di Capistrello appare per la prima volta in un documento della fine del XII secolo. Nel "Registro dei Feudi" dei Borrelli, risalente al Medioevo, vengono ricordati due fratelli, Simeon Capistrellus e Crescentius Capistrellus, della famiglia dei conti Berardi, che nel 1187 fornirono al Re di Napoli 19 soldati e 20 inservienti, quale contributo del loro feudo alla III Crociata. I Berardi avevano un poderoso palazzo, ancora oggi esistente nella parte vecchia di Capistrello, e dominavano altri centri del territorio circostante: Archipetra, Canistrum, Castulum, Loe, Templum, Sparnasium, Visinuim. Nel basso Medioevo Capistrello, dopo la dominazione longobarda, viene aggregato dai Franchi al Ducato di Spoleto, che era strettamente legato allo Stato Pontificio.