L'ecotossicologia si pone l'obiettivo di valutare gli effetti acuti e/o cronici di vari composti chimici, considerati ai diversi livelli trofici dell'ecosistema, collegandoli ai fenomeni di trasporto abiotico (volatizzazione, solubilizzazione, assorbimento, ecc) e biotico (catena alimentare).

In effetti, i fenomeni di trasporto e le relazioni trofiche allargano anche molto la scala spaziale e temporale dell'inquinamento; per questo motivo ritroviamo inquinanti nell'acqua anche in zone non soggette ad inquinamento antropico diretto.