Oltre al fenomeno di trasporto nei comparti abiotici, l'inquinante, in quanto entra a far parte di una catena alimentare, inizia un suo percorso di trasporto anche nel comparto biotico, nel quale potrà, a seconda delle sue caratteristiche originarie, venire degradato oppure rimanere pressochè integro e accumularsi negli organismi lungo la catena alimentare (magnificazione biologica). Un inquinante tendenzialmente occupa un solo comparto, dove i fenomeni di trasformazione tendono a ridurre la sua pericolosità.

Per la previsione della mobilità chimica di un inquinante sono determinanti la sua solubilità in acqua, la tensione di vapore, l'isoterma di adsorbimento ed il coefficiente di ripartizione n-ottanolo/acqua (cioè la solubilità nei grassi). La conoscenza dei valori relativi a questi parametri potrebbe consentire di stabilire approssimativamente in che proporzione la sostanza si ripartisce fra i 4 comparti fondamentali dell'ambiente: acqua, aria, suolo e organismi viventi.

La persistenza chimica può essere valuta misurando la degradabilità fotochimica, la degradabilità ossidativa, la reattività chimica e la stabilità termica.