Gli Etruschi la considerarono un area sacra, forse sede del leggendario Fanum Voltumnae. Le testimonianze principali del periodo romano, sono i tratti cospicui ed in buone condizioni della consolare Cassia, tanto che nella Tabula Peuntigeriana (IV sec. d.C.) è segnata una località identificabile con una "statio" corrispondente con tutta probabilità all'area della Basilica di San Flaviano, anche se il territorio è abitato sin dalla prima Età del Bronzo (III sec. a.C.), come attestano i ritrovamenti in una località che ha dato il nome alla Faces stessa, detta Faces di Rinaldone. Testimonianze di questa diffusa attività antropica sono state rinvenute sulla sommità del colle (Rocca dei Papi), ed in altri luoghi sparsi all'interno dell'area comunale.

In epoca tardoantica ed altomedievale si parla di Burgus Sancti Flaviani, ciò risulta da alcuni atti presenti nel Regesto di Farfa datati 801 e 837 d.C., non vi è ancora traccia del toponimo Moteflasconis, per arrivare a questo dobbiamo aspettare pochi anni ancora, infatti nel 853 d.C., nella lettera che Papa Leone IV scrive al vescovo di Tuscania Virobonus, per la riconferma dei beni diocesani, si parla di episcopi Mons Flasconis, inoltre si nomina tra le altre la chiesa di S. Andrea in Campo, che presuppone la possibile vicinanza di una struttura urbana organizzata. Da questo momento in poi si parlerà di due centri coesistenti molto vicini tra loro, Borgus Flaviani, attestato sulla Consolare Cassia e Mons Flasconis, situato sul colle ed affacciato sul lago di Bolsena. E' all'inizio dell'anno 1000 che il centro di Montefiascone acquista importanza, anche grazie alla posizione più facilmente difendibile contemporaneamente comincia a verificarsi uno spostamento della popolazione verso quest'ultimo, con una conseguente perdita di importanza del Borgo di S. Flaviano. La decadenza coincise con la completa distruzione nel 1187, ad opera delle truppe di Clemente III, per fiaccare la resistenza del conte Ildebrandino, che su ordine del Barbarossa presidiava il Castello di Montefiascone. In seguito a questo evento il Borgo di S. Flaviano cesserà di esistere per sempre.

Montefiascone sede di Papi e personaggi illustri

Dal 1058 fin quasi alla fine del 1500 a Montefiascone si susseguirono più di trenta Papi diversi, imperatori e personaggi illustri. Questi vi soggiornarono per periodi più o meno lunghi, vi convocarono parlamenti o vi si recarono per resistere alla calura estiva. Nel 1111 passò per Montefiascone l'Imperatore Enrico V, che si recava con tutta la sua corte a Roma, per essere incoronato Papa. Al suo seguito vi era il nobile Giovanni Fugger molto amante del bere, il quale rese famoso il nostro vino che passò alla storia come Est! Est! Est!

Anche Federico Barbarossa venne a Montefiascone nel 1185 intuendo l'importanza strategica del luogo. Egli lasciò un diploma, importante perché oltre ai privilegi dati alla popolazione, si descrive la forma di governo del nostro paese, che era affidata a tre consoli, scelti tra i nobili, i militi e i "buoni cittadini", nella misura di uno per ciascuna classe sociale. L'autorità imperiale fu esercitata in quegli anni dal suo Consigliere Aulico scelto dallo stesso Barbarossa tra i nobili del posto, tale Gualtiero. Da questo momento in poi Montefiascone fu veramente al centro della storia, così come il Patrimonio di S. Pietro, governato dalla Rocca del paese, stava al centro tra il regno di Sicilia e l'Italia settentrionale. Nel 1210 fu occupata da Ottone IV e nel 1222 S. Francesco d'Assisi passando da lì lasciò ai cittadini la sua "regola". Onorio III nel 1227 stabiliva ufficialmente i confini del Patrimonio e confermava la città come sede del rettore. Nel 1240 Federico II occupò la Rocca ed il paese. Si susseguirono le figure di papa Gregorio IX (1234) e l'imperatore Federico II che occupò Montefiascone nel 1240. Nel 1261 si stabilì nella rocca Papa Urbano IV, dove fece costruire una nuova torre, mentre nella chiesa di S. Flaviano, fece costruire un trono ed un altare che consacrò personalmente. Nel 1280 Papa Clemente IV fece costruire un palazzo annesso alla rocca, per la sua corte.

Più tardi Papa Martino IV eletto a Viterbo, scelse Montefiascone come sua fissa dimora vi ospitò il suo favorito, il Re di Sicilia Carlo d'Angiò e Tommaso di Hereford che vi morì nel 1282. Fu poi sulla porta di S. Flaviano che lo stesso, fece affiggere la bolla con la quale minacciò di scomunica Il Re Pietro III d'Aragona, dopo la famosa rivolta dei "vespri Siciliani". Sotto il suo pontificato si passò dal governo dei Consoli a quello del Podestà.

Anche Niccolò IV e Bonifacio VIII soggiornarono a Montefiascone, rispettivamente nel 1290 e nel 1294. Nel 1315 fu rettore del Patrimonio di San Pietro Bernardo di Cauchy, periodo di grande rivalità tra guelfi e ghibellini, che culminò in una battaglia all'interno delle mura della città, nella quale prevalsero i Ghibellini, questi, per deridere gli sconfitti festeggiarono, cavalcando degli asini per l'intero Borgo. Nel 1321 Papa Giovanni XXII fece battere moneta all'interno della Rocca, da quel momento divenne, una delle poche Zecche dello Stato Pontificio. Tra i rettori del patrimonio i più illustri, furono Bernardo Deux famoso per le sue dispute con Cola di Rienzo, ed il Cardinale Egidio Albornoz, leggendario condottiero spagnolo che risiedette nella Rocca, per portare a termine il compito affidatogli dal Papa, la riconquista del patrimonio di San Pietro. Altro Papa importante per Montefiascone fu Urbano V 1368, il quale vi stabilì la sua residenza estiva e nel 1369 diede a Montefiascone il titolo di città, poi con una Bolla istituì la diocesi (Bolla Cum illius). Il 4 agosto 1368, nella sala della Rocca benedettini e domenicani si contesero la custodia delle spoglie di San Tommaso d'Aquino, disputa che si risolse per intervento dello stesso Martino IV a favore dei domenicani. Nel 1377 Gregorio IX consacrò la cattedrale di S. Margherita, dopo di lui furono a Montefiascone Urbano VI nel 1379, Bonifacio IX, Innocenzo VII nel 1405, Gregorio XII nel 1412, Martino V nel 1420, Eugenio IV nel 1432, fino a Papa Pio II Piccolomini nel 1463, questi fece restaurare S. Flaviano ed ampliare il Vescovado. Il 2 settembre 1471 Sisto IV approvò gli statuti, gli ordinamenti e le riformanze. Nel 1495, Antonio da Sangallo il Vecchio, venne a Montefiascone per Rispondere alle esigenze di Papa Alessandro VI e del Duca Valentino che si erano rifugiati nel castello. Molti dei lavori della Rocca vennero fatti eseguire da Leone X, che si avvalse anche dell'opera di personaggi quali Michelangelo, Bembo e il Sadoleto .

In questi anni la città conobbe momenti di splendore, lavorarono a Montefiascone l'architetto vicentino Michele Sanmichele, che progettò la chiesa di S. Margherita, il Vignola, Antonio da Sangallo il Giovane, che nel 1522 fu eletto Capitano del Popolo. Tra il 1498 ed il 1519 fu vescovo di Montefiascone quello che divenne Papa Paolo III. Il 20 aprile 1530 Montefiascone ospita l'imperatore Carlo V accompagnato dal cardinale Carafa futuro Paolo IV e Ferrerio.

Le due pestilenze del 1527 e del 1657 insieme a un rovinoso terremoto nel 1695, segnarono il declino di Montefiascone come residenza papale e la Rocca venne abbandonata ed usata come cava di materiale. Nel 1687 con l'arrivo del cardinale Barbarigo, Montefiascone conobbe un nuovo periodo di gloria, quest'ultimo infatti trasformò il piccolo seminario facendolo diventare uno dei massimi centri culturali Italiani, dal quale uscirono figure illustri, come Pompeo Frangipane (archeologo), Giuseppe Bianchini (scrittore), Giovan Battista Casti (poeta cesareo), il Sartini (latinista). Il seminario venne dotato di una stupenda e fornitissima biblioteca ancora esistente.

Nel 1719 si celebrarono le nozze tra principessa polacca Clementina Sobieski e Giovanni Stuart pretendente al trono d'Inghilterra. Nino Bixio l'11 settembre 1870 volgeva con il suo esercito verso Montefiascone che fu preso senza opporre resistenza. Con la conquista dello Stato Pontificio il paese ritornò alla normalità e la sua storia si confuse in quella più grande del Regno d'Italia.