Verso la fine di gennaio 1943 i velivoli da ricognizione degli alleati, ed in particolare del 680° Squadron della RAF, incominciarono ad eseguire un’intensa attività di ricognizione fotografica sui principali obiettivi militari e civili ubicati nel raggio d’azione delle località prescelte per gli sbarchi. Soprattutto nell’ambito dell’Operazione Avalanche furono interessate, insieme con altre località, anche Napoli, Salerno e Foggia. L’importanza militare e strategica che il capoluogo dauno rivestiva per gli alleati era notevole, a cominciare dal suo Centro ferroviario, sede d’importanti officine e depositi, e nodo di più linee della rete ferroviaria civile e militare italiana. Oltre a questi impianti, altre importanti presenze industriali erano la Cartiera, il Centro Chimico Militare, alcune industrie alimentari e pastaie, e le Officine CAMLA (Caproni Meccanica Leggera Aeronautica). A queste strutture andavano aggiunti gli ospedali militari e le varie caserme e magazzini militari italiani e tedeschi situate nel territorio cittadino. Inoltre, di considerevole importanza strategica erano gli aeroporti militari presenti a Foggia, il Gino Lisa, il Filiasi e Tortorella, ai quali andavano aggiunti diversi altri campi di volo in preparazione. Su questi aeroporti erano presenti diverse scuole di volo, reparti sperimentali e operativi della Luftwaffe e della Regia Aeronautica, che avevano a disposizione per la loro attività diversi poligoni di tiro e strutture d’assistenza al volo presenti sul territorio della provincia di Foggia. Stranamente, a differenza di quanto accaduto in altre località del Sud Italia, nel corso di oltre due anni e mezzo di guerra, il capoluogo dauno era stato risparmiato dalle incursioni aeree di velivoli nemici. Fatta eccezione per due modeste incursioni verificatesi nella notte dell’11 febbraio 1941, quando alcuni velivoli della RAF, nel corso di un azione diversiva avevano attaccato le stazioni ferroviarie di Rocchetta Sant’Antonio e San Severo, provocando solo pochi danni ad alcuni vagoni ferroviari, Foggia aveva registrato solo un decrescente numero d’allarmi aerei (34 nel 1940, 13 nel 1941, ed infine 1 nel 1942). Questo stato di cose aveva erroneamente indotto moltissimi foggiani a credere che la città godesse di un particolare privilegio celeste da parte della sua protettrice, Maria SS. dei Sette Veli, la quale tramite una nube particolare l’avrebbe occultata alla vista dei piloti. Purtroppo a nulla valsero le smentite dei piloti che quotidianamente sorvolavano la città, una parte della popolazione continuò a credere nella possibilità del miracolo.

Grazie all’attività svolta dai propri ricognitori, e alle informazioni ricevute da diverse spie presenti a Foggia, gli alleati poterono avere in poco tempo un quadro preciso e dettagliato di tutte le installazioni civili e militari che si trovavano sul territorio della città. Si trattava d’informazioni molto dettagliate, dove addirittura erano indicate anche le singole abitazioni d’ufficiali italiani e tedeschi, di particolari sui velivoli presenti sugli aeroporti, o sulle esatte dimensioni delle strutture ferroviarie e industriali presenti a Foggia. Si trattava di un lavoro certosino, che purtroppo avrebbe dato i suoi tragici frutti nei mesi seguenti. A parte due sporadici episodi verificatisi il 13 febbraio ed il 13 marzo 1943, quando alcuni velivoli nemici avevano sganciato a casaccio alcune bombe in località Lucera-San Severo e Celenza Valfortore, nulla lasciava presagire quanto stava sarebbe tragicamente avvenuto nei mesi successivi. Alle ore 11,45 di venerdì 28 maggio una formazione di 18 B 24 Liberator della 12^Army Air Force, decollati dalla base libica di Lete, effettuò il primo bombardamento dell’aeroporto Gino Lisa, distruggendo al suolo diversi velivoli tedeschi e provocando la morte di una cinquantina di militari italiani e tedeschi, e il ferimento di un altro centinaio di militari. La stessa formazione portatasi presso S.Agata di Puglia sganciò un centinaio di spezzoni incendiari sulle campagne circostanti, senza provocare morti o feriti, portatisi in seguito sull’azienda agricola di Mezzana Grande, in territorio di Lucera, dove esisteva un campo di concentramento per prigionieri di guerra inglesi, sudafricani e neozelandesi, i Liberator sganciarono 42 bombe sui prigionieri, colpendo anche alcune case coloniche e diversi contadini impegnati nella raccolta del fieno. Le vittime di queste prime tragiche incursioni furono circa trecento, 48 ore dopo questo primo attacco, una formazione di 51 Liberator bombardò nuovamente l’aeroporto Gino Lisa. Nel corso di questa incursione, effettuata alle ore 12,54 di domenica 30 maggio, i bombardieri americani decollati dalle basi di Lete (Libia), e di Helen Field (Algeria), distrussero al suolo alcuni velivoli tedeschi provocando contemporaneamente la morte di 10 militari tedeschi. Fino a quel momento nessuna bomba era fortunatamente caduta sull’abitato di Foggia, ma questa situazione era destinata a cambiare nel giro di poche ore. Nella tarda mattinata del giorno successivo una formazione di 125 B 17 F della 12^ Army Air Force , decollati dalla base algerina di Chateaudon-du-Rhumel, i velivoli americani, giunti in tre ondate, effettuarono un bombardamento di 45 minuti sull’aeroporto Gino Lisa e sullo scalo ferroviario di Foggia. A partire dalle ore 12,45 le Fortezze Volanti sganciarono centinaia di bombe da 500 libre (227 Kg.) sui due obbiettivi. L’aeroporto Gino Lisa venne pesantemente danneggiato e diversi velivoli tedeschi furono distrutti al suolo, anche gli impianti ferroviari della stazione di Foggia furono pesantemente danneggiati, vennero colpite alcune officine e distrutti il magazzino Piccola Velocità, il deposito bagagli, la biglietteria e la sala d’aspetto. Alcune bombe caddero in Via Monfalcone e Via Fiume, nonostante la pronta reazione delle difese antiaeree, che abbatterono quattro bombardieri americani, a causa del bombardamento si lamentarono 59 morti fra italiani e tedeschi e 81 feriti. Nei giorni seguenti alcuni velivoli americani e inglesi effettuarono diverse missioni di ricognizione per verificare i danni prodotti dal bombardamento, nel corso di queste missioni vennero analizzati anche i bersagli di futuri bombardamenti.

Seguì un periodo di relativa calma durante il quale si incominciavano ad avere i primi sfollamenti dalla città verso le campagne e verso altre località della provincia di Foggia, intanto nel capoluogo dauno si incominciarono ad avvertire i primi disagi dovuti ai bombardamenti, come ad esempio la mancanza d’acqua, a questi disagi i foggiani cercarono di far fronte sviluppando un non comune senso di solidarietà civile e generosità, ma purtroppo il peggio doveva ancora venire.

Il 16 giugno furono bombardati gli aeroporti di Tortorella e Filiasi, mentre la notte fra il 20 e il 21 giugno un aereo nemico lanciò nei pressi della stazione ferroviaria di Foggia una sola bomba e alcuni spezzoni incendiari che causarono un morto e 18 feriti, nel corso dello stesso mese furono registrati in città complessivamente 22 allarmi aerei ai quali fortunatamente non fecero seguito delle incursioni. Durante la prima metà del mese di luglio sembrava che Foggia non dovesse essere più toccata da altre incursioni, la vita in città riprese il solito ritmo e molti sfollati rientrarono nel capoluogo. Purtroppo si trattava di una tregua illusoria, in quanto i velivoli alleati sono tutti impegnati a fornire l’appoggio aereo alle proprie truppe, che lentamente iniziano a risalire la penisola. Questa tregua si frantumò il 15 luglio, quando alle ore 14,35 una formazione di 44 bombardieri americani B 24 della 12^ USAAF apparve nel cielo di Foggia, i Liberator sganciarono da 7000 mt. di quota 300 bombe dirompenti ed incendiarie e 2000 spezzoni incendiari. Vennero colpiti gli aeroporti di Filiasi e Tortorella, dove furono distrutti alcuni hangar e diversi velivoli tedeschi, tra gli obiettivi bombardati figurarono la caserma sede del 9° Reggimento di Artiglieria, l’ospedale militare Altamura e l’Istituto Poligrafico dello Stato.

Sicuramente l’episodio più grave del bombardamento del 15 luglio fu il bombardamento della zona ferroviaria di Foggia, dove 66 bombe furono sganciate sul deposito locomotive e sui treni in sosta militari e civili. In particolare i convogli militari presenti in quel momento erano carichi di bombe, batterie contraeree da 88 mm e rifornimenti, tra i quali dei vagoni cisterna con 700.000 litri di carburante destinati ai reparti della Whermacht (l'esercito tedesco) impegnati in Calabria e Lucania. Nel complesso si trattava di 150 carri. Alcuni di loro colpiti bruciavano ed esplodevano, ed in quell’inferno di fuoco i militari italiani e tedeschi, ma soprattutto i Vigili del Fuoco e i ferrovieri di Foggia scrissero le loro più belle pagine di coraggio e determinazione, sganciarono i vagoni integri da quelli in fiamme, con lo scopo di condurli fuori dalla stazione ed evitare così danni maggiori. Furono due i convogli carichi di munizioni condotti fuori dallo scalo ferroviario foggiano, durante queste operazioni l’esplosione di un carro ferroviario carico di munizioni causò la morte di 2 vigili del fuoco ed il ferimento di altri 16, mentre tra militari e civili si registrarono 5 morti e 54 feriti. Nel corso di quello stesso bombardamento furono colpite anche la stazione ferroviaria di Candelaro e la zona di Poggiorsini, il bilancio totale delle vittime fu pesante, la sera del 16 luglio il Comando del IX Corpo d’Armata riferiva che la cifra delle vittime ufficiali era di 1.293 morti. La popolazione rimase talmente scossa dai quei tragici eventi che quasi non si accorse che la sera del 16 luglio i bombardieri americani erano tornati a bombardare gli aeroporti di Tortorella e Filiasi.

Mentre a Foggia si incominciavano a registrare le partenze di numerosissimi sfollati verso zone più sicure, in Germania nel corso di una riunione tra Hitler e Kesserling, il dittatore tedesco, conscio dell’importanza strategica degli aeroporti di Foggia, diede l’ordine di potenziarne la difesa, inviando altre squadriglie di caccia e batterie antiaeree, e di dare inizio alla costruzione di ulteriori aeroporti. Intanto dopo lo sbarco in Sicilia, avvenuto il 10 luglio 1943, gli alleati nel corso di una riunione stabilirono che per colpire efficacemente la Germania bisognava disporre di basi aeree in Italia da cui far partire le formazioni di bombardieri, e si convinsero che il Tavoliere delle Puglie era la località più adatta dove realizzare queste basi. Tra i tipi di strategia di bombardamenti proposti, venne accettata la teoria proposta dell’Inghilterra, e elaborata dall Air Chief Marshal Arthur Travers Harris (conosciuto dai suoi uomini come Harris il macellaio) in quel momento a capo del Comando Bombardieri della RAF. Questa insana e assurda teoria proponeva il bombardamento indiscriminato di obbiettivi civili, al fine di “concentrare le operazioni sul morale della popolazione”.

Il 22 luglio toccò a Foggia sperimentare la teoria di Harris, alle ore 9,35 suonarono gli allarmi aerei, 82 bombardieri B 17 giunsero sulla città scortati da caccia P 38, la formazione, decollata dagli aeroporti dell’Algeria, bombardò inizialmente l’aeroporto di Tortorella, poi si diresse sulla città. I primi velivoli a giungere su Foggia furono i caccia P 38, questi velivoli scesero a volo radente sparando sulla gente che fuggiva verso i rifugi antiaerei, l’armamento dei P 38 era costituito da 4 mitragliatrici Browning Cal. 50 da 12,7mm e da un cannoncino da 20 mm., queste armi, letali nel combattimento contro altri aerei, usate contro la popolazione inerme ebbero degli effetti terrificanti, e furono tantissimi i foggiani che caddero sotto il tiro di queste armi, soprattutto nella Villa Comunale di Foggia. I caccia americani non fecero alcuna distinzione tra civili, mezzi della croce rossa o militari, attuando un barbaro comportamento da criminali di guerra che in seguito non fu mai perseguito. Dopo la mattanza effettuata dai caccia giunsero i bombardieri, le Fortezze Volanti sganciarono le loro bombe sulla stazione ferroviaria, sul deposito locomotive, sulla Villa Comunale ed a casaccio su altre zone della città. Tantissimi furono gli altri obbiettivi colpiti, il cimitero, l’Istituto Poligrafico dello Stato, l’Acquedotto Pugliese, la fabbrica di mattoni, il deposito carburanti, i pastifici, i molini, la caserma dei Reali Carabinieri, etc.. L’episodio più grave si verificò nella stazione ferroviaria, dove alcune migliaia di passeggeri cercarono di rifugio nel sottopassaggio, accanto al quale, sul 2° binario, era in sosta un treno composto da carri serbatoi destinati alla 16^ Panzer Division tedesca. L’esplosione di questi carri serbatoio colpiti dalle bombe provocò la fuoriuscita di migliaia di litri di benzina, che scivolando verso le rampe di discesa del sottopassaggio si incendiò. Furono almeno 2000 le persone che rimasero intrapollate in qull’inferno, la temperatura raggiunta nel sottopassaggio fu talmente elevata da rendere impossibile l’accesso ai vigili del fuoco, anche a quelli muniti di tute di amianto. Quando, quindici giorni dopo, fu possibile entrare, venne ritrovata solo cenere. Complessivamente il numero delle vittime di quel tragico bombardamento fu di 7.643 morti, a quelle povere vittime non fu possibile dare una degna sepoltura, l'elevata temperatura di quei giorni e l’enorme numero di morti, fecero temere alle autorità civili e militari il diffondersi di epidemie. Venne pertanto deciso di scavare diverse fosse comuni, dove si accatastarono i cadaveri ed i poveri resti umani che venivano man mano recuperati tra le macerie. In alcune fosse su questi resti venne versato dell’acido al fine di scioglierne l’ingombro, in altre venne versata della benzina poi data alle fiamme, purtroppo all’orrore si aggiunse altro orrore, in quanto vi furono anche dei feriti gravi che ancora vivi furono gettati nelle fosse assieme ai morti. Occorsero molti giorni per poter effettuare la raccolta delle migliaia di vittime del bombardamento, gli autocarri militari, carichi di morti, effettuarono per giorni una pietosa spola tra la città ed il cimitero. Gli ospedali di Foggia e della provincia erano pieni di feriti, mentre le autorità militari italiane e tedesche si prodigarono per trasferire migliaia di foggiani sfollati nelle diverse località di assegnazione.

Dopo solo cinque giorni da questo terribile bombardamento, alle 11,47 i bombardieri americani tornano sui cieli della Capitanata effettuando un incursione sull’aeroporto di Tortorella. Si trattava di una ridotta formazione di B 17, rispetto a quella originaria, provenienti dall'Algeria. Infatti contrariamente ad altre incursioni, i bombardieri americani avevano incominciato a incontrare una sempre maggiore opposizione da parte dei caccia italiani e tedeschi presenti sulle basi intorno a Foggia. Nel corso della campagna di bombardamenti attuata sul capoluogo dauno e sui suoi aeroporti, le difese antiaeree italiane e tedesche inflissero alle aviazioni americana e inglese la perdita di 180 tra bombardieri e caccia, ma purtroppo nonostante questi sforzi non riuscirono a fermare la determinazione degli alleati nel portare avanti il loro piano. Durante le prime due settimane di agosto a Foggia risuonarono diverse volte le sirene dell'allarme antiaereo, ma non si verificarono incursioni, si trattava di sorvoli di velivoli da ricognizione degli alleati che effettuavano dei rillevamenti fotografici per stabilire quali danni avesse subito la città. Il 16 agosto una formazione di 85 bombardieri americani sganciò bombe sugli aeroporti di Tortorella, Schifara e Filiasi, in quella occasione i B 24 effettuarono il bombardamento della miniera di bauxite di San Giovanni Rotondo.

Pochi giorni dopo toccò nuovamente a Foggia: il 19 agosto 233 bombardieri americani effettuarono un indiscriminato bombardamento a tappeto della città, dove si ripetettero gli stessi drammi dell'incursione del 22 luglio. Per 95 lunghissimi minuti i Liberator e le Fortezze Volanti scaricarono su Foggia oltre 590 tonnellate di bombe. Vennero colpiti il Municipio, il Palazzo del Governo, il Palazzo delle Poste, gli Ospedali, la Cattedrale, il Museo Civico, la Caserma Miale da Troia, la Caserma Cesare Oddone e la zona ferroviaria della città. Quando l'ultimo bombardiere americano lasciò il cielo di Foggia, la città era completamente devastata. Il 76% dei suoi edifici era stato raso al suolo, 9581 i morti ed un numero imprecisato, ma consistente di feriti. In seguito a quest'ultima incursione, le autorità decisero il trasferimento di tutti gli uffici pubblici in altri comuni, mentre il bollettino di guerra emesso dal comando del IX Corpo d'Armata segnalo che: "la città di Foggia è stata quasi totalmente distrutta". Per giorni le instancabili squadre di soccorso civili e militari, effettuarono il recupero dei poveri resti delle vittime del bombardamento , dando loro una sommaria sepoltura, ed erano ancora all'opera quando nella notte del 20 agosto, 15 bombardieri inglesi del tipo Wellington sganciarono oltre 50 bombe sulla già martoriata città. Gli stessi bombardieri tornarono su Foggia la notte del 21 agosto, causando fra squadre di soccorso e semplici cittadini altri 173 morti. Ormai sembrava che non ci fosse più nulla da distruggere, ma i pianificatori militari americani e inglesi avevano deciso diversamente, e la mattina del 25 agosto i bombardieri americani erano nuovamente nel cielo di Foggia. Oltre 276 velivoli, dei quali 140 Lightning e 127 tra B 24 e B 17, suddivisi in 5 ondate, si accanirono nuovamente sulla città, distruggendo quanto era stato risparmiato in precedenza. Gli attacchi si estesero anche sugli aeroporti di Tortorella, Schifara e Gino Lisa, furono colpiti anche lo scalo ferroviario di Rocchetta S. Antonio e il Golfo di Manfredonia, dove nel corso di un attacco a due corvette della Regia Marina, furono abbattuti due caccia P 38 Lightning. Durante questa ennesima incursione si registrarono 971 morti fra la popolazione civile oltre ad alcuni militari italiani e tedeschi.

Nuove incursioni si ebbero su Foggia, nei giorni 7, 8 e 9 settembre, nel quadro dell'Operazione Avalanche (destinata a scattare il 9 settembre). Infatti, i servizi di informazione alleati si erano accorti che il nodo ferroviario della città continuava ad essere utilizzato per il passaggio di truppe tedesche, mentre sempre più numerosi erano i reparti aerei della Luftwaffe che utilizzavano gli aeroporti presenti attorno al capoluogo dauno. La presenza delle forze armate tedesche si concretizzò maggiormente dopo l'8 settembre, giorno dell'annuncio dell'armistizio da parte del generale Pietro Badoglio. Per evitare brutte sorprese da parte delle forze armate dell'ex alleato, l'esercito tedesco diede il via all'Operazione Alaric, nel corso della quale commise dei terribili atti di repressione e rappresaglia. Il pomeriggio del 10 settembre una formazione di B 24 americani bombardò gli aeroporti satelliti, mentre contemporaneamente una formazione di bombardieri tedeschi bombardava e mitragliava la zona portuale di Manfredonia. Fu davvero un episodio singolare e paradossale, ma che la dice lunga sullo stato di caos che si era creato in quei giorni in Italia. Il 17 settembre la zona ferroviaria di Foggia venne nuovamente bombardata dai B 24 della RAF, che sganciarono 8 tonnellate di bombe sui magazzini ferroviari. La mattina del giorno successivo una formazione di 100 P 38 americani effettuò un attacco contro gli aeroporti di Foggia e, successivamente, contro gli impianti ferroviari della città, si trattò dell'ultima incursione aerea su Foggia della Seconda Guerra Mondiale. La mattina del 27 settembre, incalzati dalle avanguardie dell'8^ Armata Inglese, gli ultimi reparti dell'esercito tedesco lasciarono Foggia: la guerra per il capoluogo dauno era finalmente terminata, anche se non erano terminati gli stenti e le privazioni. Foggia ha pagato un tributo altissimo alla follia della guerra. Nel corso di quella terribile estate, secondo i dati raccolti dal Comune di Foggia, le vittime dei bombardamenti furono 20.293, a cui vanno aggiunti un numero imprecisato di militari italiani e tedeschi, mentre non è stato possibile accertare il numero esatto dei feriti, con ogni probabilità furono diverse migliaia. Secondo i dati compilati dal Regio Corpo dei Vigili del Fuoco, l'abitato di Foggia aveva subito la distruzione del 76% della superficie edificata, mentre ingentissimi erano stati i danni arrecati agli impianti militari presenti in città.