Infatti, con la proclamazione delle Repubblica Francese, il governo italiano si sentì sciolto dagli impegni sottoscritti con Napoleone Vittorio Emanuele II inviò una lettera a Pio IX scongiurandolo di «non opporsi all'ineluttabile».

Il Papa respinse la proposta20 settembre 1870, alle 5 del mattino, i bersaglieri del generale Raffaele Cadorna entrarono a Roma attraverso una breccia aperta a cannonate nelle mura, a Porta Pia. Il generale Kanzler, comandante delle truppe pontificie, nel pomeriggio firmava la capitolazione della città, mentre Pio IX si ritirava nei palazzi vaticani.

ROMA era finalmente la capitale d' Italia

Il Papa rifiutandosi di scendere a compromessi e considerandosi un «prigioniero morale», ribadì il suo diritto al potere temporale come condizione necessaria per esercitare in piena libertà e sicurezza la sua missione spirituale; scomunicò tutti coloro che avevano preso parte all'occupazione, compreso Vittorio Emanuele II; fece pressioni sulle corti d' Europa affinché intervenissero a difesa della Chiesa, ottenendo però risposte vaghe ed evasive.

In queste condizioni, lo Stato italiano si vide costretto a regolamentare unilateralmente i rapporti con la ChiesaLegge delle guarentigie (delle garanzie). Ispirata al principio cavouriano della «libera Chiesa in libero Stato», la legge sancì la distinzione della sfera ecclesiastica e religiosa da quella pubblica e civile, stabilendo anche le prerogative del Pontefice e della Santa Sede e disciplinando le relazioni fra la Chiesa e l' Italia.

Nonostante le buone intenzioni del Governo, Pio IX respinse con fermezza la Legge delleguarentigie. Dopo aver dichiarato che non era conveniente (non expedit ) per un cattolico partecipare alle elezioni, invitò tutti i fedeli a ritirarsi dalla vita politica ed a considerarsi come fossero degli «esiliati interni».

Quest'intransigenza del Pontefice diede nuovi motivi alla Sinistra per scatenare una violenta campagna anticlericale che portò alla soppressione della facoltà di teologia nelle università, la confisca delle proprietà delle corporazioni religiose di Roma, l'obbligo del servizio militare da parte dei sacerdoti; nel 1877 fu tolto l'obbligo dell'istruzione religiosa nelle scuole elementari.

La «riconquista» della società e dello Stato da parte della Chiesa fu possibile solo aggirando il non expedit del Papa. Solo sotto il regime fascista, con i Patti Lateranensi dell'11 febbraio del 1929, l'annosa diatriba fra Stato Italiano e Chiesa troverà la sua soluzione.