Un ruolo molto importante svolge la vegetazione che si inserisce nel presepio; infatti se non si mettono delle piante il paesaggio risulta lunare.
Piante, radici, rami e muschio danno vivacità cromatica al presepio e trasformano invece la scena in un ambente naturale.
Gli alberi devono essere non solo proporzionati alle dimensioni dell'ambiente, ma anche collocati nel posto giusto. L'osservazione della natura è indispensabile.
La vegetazione che si utilizza può essere costituita da piante vere o da piante appositamente costruite.
Come piante vere si possono utilizzare:

Lavanda
Agrifoglio e vischio
Lichene bianco o argentato
Muschio delle pietre
Ginepro (simula i cespugli)
Timo selvatico e rosmarino (simula viti, ulivi e alberi contorti)      

Se si vuole costruire la vegetazione:
Per simulare l'erba adoperare la segatura dipinta, usando vari colori all'anilina sciolti nell'alcool.
Per alberi di piccolo formato che simulano cipressi, pini ed alberi da frutta nel secondo piano, usare come tronco del filo unipolare di rame e per la chioma della spugna opportunamente sagomata e dipinta con varie tonalità di colori all'anilina.

Si possono costruire anche le palme usando per il tronco un bastoncino di legno lungo ca. 3,5 volte l'altezza della statua; per la chioma si costruiscono una ventina di rami di diverse misure utilizzando del lamierino di rame o un filo ricoperto da due fogli di carta; colora i pezzi e dentella le foglie. Per formare il ciuffo della palma fissa al bastoncino di legno gli steli dei rami legandoli uno ad uno con della carta gommata per carrozziere. Quindi ricopri il fusto con una tela dipinta di marrone con il bordo sfrangiato e colorato in ocra. Piega le foglie e forma una corona.