La parte più antica del centro storico sorge proprio su un colle e da questo probabilmente ha origine il nome del comune. Originariamente detto Colle, soltanto nel 1862 divenne Colle Sannita. Questo feudo viene menzionato per la prima volta all'epoca dei Normanni. Appartenne alla casa d'Alemagna e non sappiamo come questa l'avesse perduto. E certo che al tempo degli Angioini Colle Sannita era detta Casale di Circello.
Nel 1343 era feudo di Niccolò de Scigliatis a cui successe il figlio Ugone che, morto nel 1400, lasciò due figlie, Ilaria e Magalda. Ilaria sposò Iacopo Antonio de Marra, signore di Senno, e gli portò in dote il feudo di Colle. Re Ladislao, in considerazione del fatto che Ilaria già possedeva troppe terre, diede il feudo di Colle alla sorella Magalda, che per suo ordine era stata maritata a Iacopo della Leonessa, signore di Airola, Montesarchio ed altre terre.

Nel 1448, a seguito della revisione di tutte le concessioni feudali, Alfonso I d'Aragona confermò il possesso di Colle a Raimondo e Galeazzo della Leonessa; quando però nel 1461 Alfonso della Leonessa tradì Ferdinando d'Aragona, Colle venne assegnato alla casa Carafa. Nel 1533 Carlo V concesse il feudo a Nicola Maria di Somma della cui famiglia rimase in possesso fino all'abolizione del feudalesimo. Il nome di Colle ricorre nelle guerre tra Angioini ed Aragonesi. Fu qui che il 15 novembre 1439 morì Giacomo Caldora, celebre condottiero e capitano di ventura. Fu occupato dagli Angioini nel 1461, dai Francesi di Carlo VIII e dalle compagnie di ventura degli Orsini e dei Vitelli nel 1496.
Nel decennio tra il 1806 ed il 1815 e subito dopo l'unità d'Italia ebbe triste fama come centro del brigantaggio in lotta contro i nuovi equilibri politici ed economici che andavano instaurandosi.
Fece parte della Capitanata fino al 1809, quindi passò alla provincia di Campobasso e nel 1861 a quella di Benevento.
Il comune di Colle Sannita ebbe l'appellativo "sannita" soltanto nel 1862.

GLI UOMINI ILLUSTRI

Colle ha dato i natali ad eminenti uomini: Leandro Galganetto, nato nella seconda metà del Cinquecento, fu giurista e segretario del Papa Paolo V Borghese; Remigio Del Grosso, nato il 20 maggio 1813, sacerdote, filosofo e matematico, professore di meccanica applicata presso l'Università di Napoli; Pasquale Meomartini nato l' 1 agosto 1859, rivestì i gradi di Colonnello, fu Sottosegretario alla guerra, Presidente del tribunale militare, Generale d'armata e Senatore; Raffaele Angiulli nato il 3 novembre 1865, legale, consulente di Diritto Civile, Tributario, consigliere comunale e Sindaco di Napoli, Deputato e Senatore; Francesco Flora, indubbiamente il personaggio che ha dato più lustro al nostro paese, nato il 27 ottobre 1891, Poeta, scrittore, critico letterario, cattedratico presso l'Università di Milano e Bologna, tra i suoi scritti più famosi: "Storia della letteratura Italiana"; Giovanni Battista Piacquadio nato il 15 gennaio 1900, ingegnere industriale, si dedicò agli studi di balistica presso lo Stato Maggiore dell'Esercito e fu direttore del Laboratorio Caricamento proiettili dell'Esercito con il grado di Generale.