La prima notizia certa relativa al Pastura risale al dicembre del 1478, quando è documentata la sua partecipazione alla fondazione dell'Arte e università di San Luca dei pittori a Roma. È probabile però che a quella data l'artista si trovasse nella città papale già da qualche tempo, anche se la sua prima attività romana è piuttosto incerta. Sicura però è la sua partecipazione alla decorazione delle stanze del palazzo Borgia in Vaticano insieme al Pinturicchio.  n particolare sono riferibili alla sua mano la Sala delle Arti Liberali e della Sala dei Mestieri.

 a viterbo ha realizzato il "presepe con i santi giovanni battista e bartolomeo".  fece poi ritorno a Orvieto (dove è documentato tra il 1497 e il 1499) dove completa il restauro degli affreschi di Ugolino di Pretellario nel duomo, lavoro già in parte svolto dal Pinturicchio.  Sempre nel duomo dipinse una Annunciazione, una Visitazione, una Presentazione al Tempio e una Fuga in Egitto.

Nel 1504 ritorna a Viterbo, dove realizza, probabilmente influenzato dall'opera di Luca Signorelli, il dipinto San Terenziano, San Rocco e San Sebastiano, conservato nella chiesa di Santa Maria a Capranica,  diventando, alla morte di Lorenzo da Viterbo il maggior esponente della pittura viterbese.

Altra importante opera del Pastura, eseguita tra 1508 e 1509, su commissione del Vitelleschi, è la decoriazione del coro del duomo di Tarquinia (VT).

Sconosciuto al Vasari, già poco dopo un secolo dalla sua morte si era persa ogni notizia di lui, anche nella sua città natale. Viceversa in epoca moderna il Pastura ha beneficiato in larga misura del rilancio del Perugino e del Pinturicchio,  a tal punto da essere stato uno dei primi pittori italiani a godere in proprio di una monografia agli albori del nostro secolo, pubblicata nel 1901 dallo Steinmann.