Dipinse gli affreschi su temi mitologici come il Giudizio di Paride, Storie dell'Eneide e altri, in collaborazione con Giovanni Antonio Pandolfi nel Palazzo della Corgna a Castiglione del Lago.
Nel 1579 tornò a Roma per lavorare con Mattheus Bril e decorò la Sala della Meridiana nella Torre dei Venti e nelle Logge in Vaticano.
Tra il 1582 ed il 1583 dipinse gli affreschi della Basilica di Santo Stefano Rotondo al Celio (24 scene che imitano rilievi scultorei, in toni di giallo, raffiguranti la storia di santo Stefano e del suo culto).
Ricevette l'incarico di affrescare il muro che chiudeva l'ambulacro con scene di martirio. Il ciclo inizia con la Crocifissione di Gesù, a cui segue il martirio di santo Stefano, con sullo sfondo le raffigurazioni dei supplizi degli Apostoli.
Nel 1589 l'artista è documentato presso l'Abbazia di Valvisciolo a Sermoneta. Dove ricevette l'incarico di affrescare la cappella Caetani con storie di San Lorenzo, il presbiterio e il coro della chiesa. I cicli di affreschi furono commissionati dal cardinale Enrico Caetani e dal duca Onorato IV. Realizzati in occasione della visita, che si tenne dall'undici al ventuno ottobre 1589, di papa Sisto V nel ducato di Sermoneta. Inoltre numerosi sono i riferimenti visivi al titolo ducale (putti che sorreggono la corona ducale) conferito da Sisto V qualche anno prima, con la bolla "Coelestis Altitudinis", proprio a Onorato IV Caetani. La paternità degli affreschi a Niccolò Circignani è documentata da due iscrizioni ritrovate nel coro, in cui ci sono chiari riferimenti anche ai suoi collaboratori tra cui spicca il nome del figlio Antonio.
