Il Duca di urbino dovendo terminare le facciate della Cappella del Duomo, lo richiamò in patria. Ad Urbino Taddeo fu accolto con molta cortesia dal Duca il quale gli spiegò il lavoro che avrebbe dovuto svolgere nella suddetta Cappella.
Tra le sue opere principali e più ammirate vi è il ciclo nella villa di Caprarola, commissionato dal cardinale Alessandro Farnese, portato a termine con l'aiuto del fratello. I due nella Villa Farnese utilizzano un sistema compositivo a quadri riportati già usato largamente da Raffaello e Giulio Romano.
Taddeo morì il giorno del suo compleanno, il 1 settembre 1566. Suo fratello Federico scrisse che ciò fu cagionato dagli eccessivi caldi di quell'anno. Contrasse una malattia che peggiorò talmente da causarne la morte. Oggi Taddeo Zuccari è sepolto al Pantheon a Roma a fianco di quello che fu il suo maestro ideale, Raffaello Sanzio.
Di che natura e di quale carattere fosse Taddeo, e quale la sua maniera di dipingere lo spiega Giorgio Vasari ...fu Taddeo molto fiero nelle sue cose, ed ebbe una maniera così dolce e pastosa, e tutto così lontano da certe crudezze, fu abbondante ne suoi componimenti, e fece molto belle le teste, le mani, e gl'ignudi, allontanandosi in essi da molte crudezze....colorì parimente Taddeo con molta vaghezza, ed ebbe maniera facile perché fu molto aiutato dalla natura...fu molto volenteroso...insomma fece molte, anzi infinite cose degne di molta lode. Fu amorevole degli amici, e dove potette giovare loro, se ne ingegnò sempre.
