Su una colonia di Side 7 tre Zack di Zion si avvicinano misteriosamente: due penetrano clandestinamente nel suo interno mentre lo Zack di Slender attende all'esterno dell'immensa colonia. Il maggiore Char Aznable ha infatti individuato una nave federale in avvicinamento a Side 7 probabilmente per portare a termine una missione del Progetto V (il piano di sviluppo di Mobile Suit da combattimento elaborato dall'Esercito Federale). In effetti la nave, la White Base,sta atterrando sulla colonia e durante la manovra i civili attendono pazientemente nei rifugi per sicurezza.I due piloti di Zack scoprono tre Mobile Suit in fase di trasferimento e aprono il fuoco contro il Centro di Ricerca della Federazione. Amuro Rei, un giovane civile, esce da un rifugio per andare a chiedere al padre Tem Rei, scienziato al servizio dell'esercito, di imbarcare i civili sulla White Base; durante un'esplosione che provoca la morte di un paio di tecnici un misterioso manuale capita nelle sue mani: si tratta delle specifiche di un nuovo Mobile Suit della Federazione. Vedendo i due Zack uccidere spietatamente un gruppo di civili dove si trovano i genitori dell'amica Frau Bow Amuro si precipita sul Mobile Suit bianco per affrontarli: senza alcuna esperienza di pilota riesce grazie alla potenza del Gundam a distruggere uno Zack, che esplodendo lacera le pareti della colonia scagliando Tem Rei e i suoi assistenti dello spazio, e a disattivare il secondo. Intanto Char Aznable si avvicina alla colonia a bordo dell'incrociatore Musai.