Su una colonia di Side 7 tre Zack di Zion si avvicinano misteriosamente: due penetrano clandestinamente nel suo interno mentre lo Zack di Slender attende all'esterno dell'immensa colonia. Il maggiore Char Aznable ha infatti individuato una nave federale in avvicinamento a Side 7 probabilmente per portare a termine una missione del Progetto V (il piano di sviluppo di Mobile Suit da combattimento elaborato dall'Esercito Federale). In effetti la nave, la White Base,sta atterrando sulla colonia e durante la manovra i civili attendono pazientemente nei rifugi per sicurezza.I due piloti di Zack scoprono tre Mobile Suit in fase di trasferimento e aprono il fuoco contro il Centro di Ricerca della Federazione. Amuro Rei, un giovane civile, esce da un rifugio per andare a chiedere al padre Tem Rei, scienziato al servizio dell'esercito, di imbarcare i civili sulla White Base; durante un'esplosione che provoca la morte di un paio di tecnici un misterioso manuale capita nelle sue mani: si tratta delle specifiche di un nuovo Mobile Suit della Federazione. Vedendo i due Zack uccidere spietatamente un gruppo di civili dove si trovano i genitori dell'Amica Frau Bow Amuro si precipita sul Mobile Suit bianco per affrontarli: senza alcuna esperienza di pilota riesce grazie alla potenza del Gundam a distruggere uno Zack, che esplodendo lacera le pareti della colonia scagliando Tem Rei e i suoi assistenti dello spazio, e a disattivare il secondo. Intanto Char Aznable si avvicina alla colonia a bordo dell'incrociatore Musai.

L'attacco a Side 7 è iniziato e tra i feriti gravi vi è anche il comandante Paolo della White Base colpito da una scheggia durante un'esplosione causata da uno dei missili lanciati dalla corazzata Musai di Aznable. Intanto i civili vengono imbarcati sulla White Base: tra i superstiti dell'attacco ci sono i tre orfani Katsu, Retsu e Kikka che vengono affidati a Frau Bow. Frau e Seyla Mass (che qui compare per la prima volta) intanto cercano disperatamente di prendersi cura dei feriti. Char intanto , che ha ricevuto da Slender un rapporto su Gundam, decide di recarsi di persona a controllare la situazione su Side 7. Intanto sulla White Base regna un clima di assoluto disordine: buona parte dei tecnici necessari per la guida della White Base non è disponibile e sono necessarie delle soluzioni temporanee di emergenza per poter decollare. Il timone della nave viene assunto da un giovane donna, Mirai Yashima,munita di brevetto da Star Glider di classe Cruiser mentre il giovane sottoufficiale Bright Noah prende temporaneamente il comando delle operazioni. Bright dopo aver contattato Gundam resta perplesso nell'osservare che il suo pilota, Amuro, è appena un adolescente ma gli ordina comunque di ditruggere il centro di ricerche federale per evitare che i segreti militari cadano in mani nemiche. Intanto Frau Bow e Seyla escono in perlustrazione su Side 7 per vedere se ci sono dei civili superstiti. Seyla poco dopo viene casualmente a contatto con Char Aznable e gli punta addosso la pistola, ma viene colta da un momento d'esitazione: quell'uomo, al di là d'ogni dubbio, potrebbe essere il fratello da cui è stata costretta a separarsi da bambina! Anche Char sembra riconoscere in lei la sorella Artasia. Sfruttando l'attimo di disattenzione di Seyla, Char riesce a disarmarla e a fuggire penetrando all'interno della White Base dove cerca di filmare i segreti della corazzata. Fortunatamente per i federali la sua videocamera viene distrutta e Cometa Rossa è costretto a fuggire nello spazio inseguito da Amuro. Ha quindi inizio il primo degli innumerevoli scontri tra Amuro e Char. Il fucile del rosso Zack di Char non riesce neppure a scalfire la corazza di Gundam, ma anche Amuro non sa far di meglio che colpire di striscio l'avversario che si rivela velocissimo. Dopo aver distrutto uno Zack di supporto a Char, Amuro si accorge che Aznable è ormai in fuga e rientra sulla White Base. Bright Noah accoglie il ragazzo piuttosto freddamente e ha per lui anche parole di rimprovero che ne sottolineano l'irruenza in combattimento.

La White Base si dirige verso Luna Due mentre Char Aznable a bordo del suo Musai si trova a corto di munizioni: quest' ultimo decide pertanto di imbarcare armi da un Papua. La White Base giunge su Luna Due sperando di rivevere aiuto tuttavia il comandante della base, Wackein, si rifiuta di accogliere i civili e ordina alla White Base di scendere sulla Terra per mettere in salvo i superstiti ed mettersi quindi agli ordini del quartier generale di Jabrow. Mentre la White Base si avvia finalmente a entrare nell'atmosfera terrestre, Char Aznable riceve come rinforzi tre nuovi Zack e sferra un nuovo attacco alla corazzata. Amuro esce per affrontarlo e lo scontro si rivela molto più difficile dei precedenti. In più questa volta il fattore tempo è di vitale importanza: Gundam deve tornare alla White Base entro quattro minuti, altrimenti la sua corazza fonderà per l'attrito con l'atmosfera. Attaccato da tre avversari, Amuro non riesce a ritornare alla base in tempo e, mentre per la temperatura elevatissima uno Zack di Zion fonde per il calore eccessivo, riesce a trovare nel manuale di istruzioni il sistema per attivare una sistema di raffreddamento con cui avvolgere Gundam.Intanto Char avvisa il generale Garma Zabi dell' arrivo imminente dei nemici.

Dopo aver attraversato l'atmosfera senza problemi Amuro e la White base giungono nel Nord America, territorio dominato dalle truppe del maggiore Garma di Zion. Precedentemente avvisato da Char, l' ufficiale nemico invia le sue truppe ad attaccare subito la White Base e Gundam.Char Aznable a bordo del suo Komusai atterra all'interno della corazzata Gaw, l'ammiraglia di Garma, figlio di Degin Zabi ed ex-compagno d'accademia militare di Char. Garma Zabi attacca la White Base con una formazione di Dop, piccoli aerei da combattimento. Amuro intanto entra in un momento di profonda crisi e ha perso ogni voglia di combattere. Bright sprona Amuro con forza a contrapporsi a Char (nel senso che gli tira un paio di cazzotti in pieno viso); il giovane così sfidato sale sul Gundam per aiutare Ryu e Hayato, impegnati con il Guncannon e il Guntank in una battaglia prima contro un Gow,il grosso veicolo multifunzionale di Zion, poi contro uno stormo di Dop. Amuro riesce a far volare Gundam (o più che altro a fargli compiere qualche lungo balzo dall'elevazione quasi impressionante) e colpisce a un'ala il Dop di Garma: l'ufficiale di Zion è costretto a ritirarsi. Intanto sulla trasmittente di Gundam giunge una voce di donna che ordina ad Amuro di rinunciare ad attaccare: è Matilda, un sottoufficiale federale giunto a bordo della nave da trasporto Medea per portare vettovaglie alla Base Bianca. La donna si compiace dall'abilità di Amuro e il ragazzo rimane colpito dal suo fascino.

Al quartier generale di Zion intanto si sta tenendo un ricevimento a cui partecipano anche Char Aznable e il suo amico di sempre Garma Zabi. Quest'ultimo ben presto si apparta sul balcone con la sua amata Iselina e i due si scambiano promesse d'amore: se il padre della ragazza non acconsentirà al loro matrimonio, Garma si dichiara pronto a lasciare l'esercito di Zion! Intanto la White Base si nasconde tra i ruderi di un vecchio stadio da baseball: Bright Noah desidera guadagnare tempo e lascia Gundam e gli altri mobile suit a pattugliare la zona. Garma inizia un massicio bombardamento sulla città mentre Char esce con lo Zack Rosso e un paio di altri Zack a coprirgli le spalle con lo scopo di stanare la White Base. Char riesce a individuare la nave, ma annuncia a Garma che essa si trova nella direzione opposta a quella in cui in realtà è. Non appena Garma sul suo Gow insegue Gundam, senza rendersi conto che la White Base è dietro di lui, Bright Noah ordina l'attacco. Preso di sorpresa il Gow viene drammaticamente abbattuto. Tra le fiamme, Garma riceve l'ultimo messaggio di Char, che ammette di averlo tradito: l'amore per suo padre e il suo desiderio di vendetta sono stati più forti dell'amicizia che li legava. Il Gow esplode a mezz'aria mentre cerca di schiantarsi sulla White Base.

Al quartier generale di Zion Iselina, dopo aver ricevuto dal padre la notizia della morte di Garma,piange disperata mentre nel suo palazzo Degin Zabi resta profondamente colpito.La White Base è arrivata in Giappone e l'equipaggio si concede qualche momento di riposo approfittando di uno dei rarissimi momenti di tregua. Amuro intanto corre alla ricerca della propria madre, che aveva lasciato quando era ancora un bambino per seguire il padre su Side 7: la madre era rimasta sulla Terra perchè, disse, non sarebbe mai riuscita ad accettare di vivere nello spazio. Dopo essere giunto nella sua casa natale la scopre occupata da un paio di soldati di Zion completamente ubriachi senza però trovare traccia della propria madre. Gli stessi soldati di zion, in seguito molestano una simpatica signora venditrice di verdure e quando Amuro si precipita per difenderla scopre che sitratta di un'amica della madre e che la madre stessa lavora ora in un campo di sfollati controllato da Zion. Amuro si precipita con Core Fighter a riabbracciare la madre che dopo i primi momenti di commozione lo nasconde sotto le coperte di un letto dell'infermeria. Poco dopo guingono alcuni soldati di Zion per un'ispezione e Bright Noah richiama Amuro per avvertirlo dell'avvicinarsi dei nemici: il suono della trasmittente attira però l'attenzione di un soldato di Zion che gli si avvicina insospettito. Amuro non ha altra possibilità di salvezza che sparare a freddo l'avversario ferendolo gravemente: la madre, sconvolta dal gesto del figlio, diventa improvvisamente fredda e dura con lui; Amuro è costretta ad abbandonarla in questo momneto difficile e parte subito col Core Fighter per affrontare i nemici. Al termine della battaglia, Amuro saluta la madre per l'ultima volta e risale sulla Base Bianca: ormai è un soldato della Federazione con una missione precisa da compiere.Su Zion si stanno celebrando i funerali di Garma la cui morte viene quasi divinizzata e presa come simbolo della lotta contro la Federazione.

Sulla White Base Amuro è sotto shock per aver sparato a sangue freddo al soldato di Zion e si trova in uno stato di completa apatia.Char Aznable intanto è stato degradato e il maggiore Ramba Rall è diventato il nuovo responsabile delle operazioni di Zion sulla Terra. Durante la sua prima operazione, svolta a bordo della nuova corazzata Zanzibar, incontra la White Base e decide di attaccare con un nuovo mobile suit Guf, molto più potente dei vecchi Zack,supportato da due Zack ordinari. Amuro non sembra neppure essere in grado di combattere. Grazie all'intervento prima di Ryu, poi di Kai e Hayato, Amuro riesce a salvarsi e lo Zanzibar si ritira. Zion trasmette sulla Terra le immagini del funerale di Garma e il discorso di Giren Zabi al popolo del principato. Sulla White Base tutti ascoltano le parole dell'ufficiale di Zion; Char, che in abiti civili si trova in un bar,ascolta anche lui il discorso. Amuro e i sui compagni sono terrorizzati: ora più che mai temono l'incredibile potenza e la determinazione del loro nemico.