Dopo un rapido scontro contro forze di Zion, Amuro e Seyla
liberano la strada alla White Base che riesce a entrare
in una colonia di Side 6, dove è vietato qualsiasi
atto d'ostilità tra federali e uomini di Zion. Gli
armamenti dell'astronave, secondo i patti di neutralità,
vengono temporaneamente disattivati da un gruppo di ispettori
guidato da Camrun, l'ex fidanzato di Mirai. Amuro girando
per la città in compagnia di Frau Bow e dei suoi
colleghi incontra per caso suo padre, ritenuto morto: il
cervello dell'uomo ha però subito danni irreparabili
probabilmente a causa dell'incidente occorsogli mesi prima
durante il raid degli Zack sulla colonia di Side 7. Durante
un dialogo freddo e distaccato Amuro riceve da Tem Rei,
interessanto solo allo sviluppo di nuove armi per la Federazione
e privo ormai di ogni forma di sensibilità umana
(se mai ne avesse avuta visto che anche prima dell'incidente
teneva più ai suoi Mobile Suit che ai civili), un
congegno elettronico inutilizzabile da installare su Gundam
per il suo potenziamento:in quel momento Amuro si accorge
della condizione disperata in cui si trova il padre.
Deciso a rincontrare il padre, Amuro torna in città
ma all'improvviso per un forte acquazzone il ragazzo è
costretto a ripararsi nella casa di una giovane chiamata
Lalah Sun. Purtroppo le condizioni del padre sono gravissime
e Amuro si rende ormai conto che non è possibile
fare alcunchè per recuperarlo; decide pertanto a
malincuore di lasciarlo su Side 6 dove almeno regna la pace.
Mentre torna dalla casa di suo padre, Amuro rivede Lalah
assieme a un giovane ufficiale di Zion che lo aiuta a liberare
l'auto impantanata: l'ufficiale si rivela essere Char Aznable
ed Amuro, quasi pietrificato, lo ringrazia frettolosamente
e fugge via subito dopo senza quasi avere il controllo delle
proprie azioni. La White Base intanto lascia definitivamente
Side 6, ma Zion è pronto ad attaccarla: un satellite
televisivo si trova proprio nell'area dello scontro e le
immagini vengono trasmesse in diretta televisiva. Char e
Lalah, così come Tem Rei, seguono dal loro televisore
le vicende di una battaglia terrificante che vede la vittoria
schiacciante della Federazione. Amuro durante lo scontro
si accorge di riuscire a visualizzare mentalmente in anticipo
i movimenti dei Dom avversari e percepisce per la prima
volta la presenza dei suoi poteri extrasensoriali di newtipe.
Char conduca Lalah in una colonia devastata all'inizio
della guerra; qui si trova un'area detta Zona Texas, usata
da Char come terreno di prova per il nuovo Mobile Suit Gelgoog.
Amuro entra nella colonia in esplorazione e Char lo attacca
violentemente a bordo del Gelgoog in una battaglia che si
svolge nel bel mezzo di una tempesta di sabbia; Amuro Rei
anticipando i movimenti dell'avversario riesce a danneggiare
gravemente il Mobile Suit di Char. Gundam si ritrova improvvisamente
immobilizzato per avere utilizzato troppa energia e Char
ne approfitta per fuggire provocando qualche istante dopo
una forte esplosione tattica che ne simula la morte. Intanto
la White Base entra nella colonia abbandonata per cercare
Amuro e invia Seyla ed altri membri dell'equipaggio a cercare
il pilota. Sul mezzo di Seyla piomba improvvisamente Char
Aznable che durante l'ennesimo incontro con la sorella la
invita a rifugiarsi sulla Terra ed abbandonare il conflitto.
Durante il dialogo estremamente toccante Char fa rivivere
a Seyla i momenti felici della loro infanzia e prima di
lasciarla le chiede di aprire la visiera del casco per rivedere
forse per l'ultima volta il suo viso. Intanto Bright intercetta
il dialogo attraverso la radio di Seyla rimasta distrattamente
accesa e rimane sconvolto dalla notizia. Char fa pervenire
a Seyla sulla White Base una lettera e una misteriosa valigetta:
si rivelerà essere piena di lingotti d'oro, che potrebbero
garantire a Seyla una felice vita sulla Terra lontano dalla
Federazione e dalla guerra. La ragazza scoppia in un pianto
disperato, divisa tra l'amore per suo fratello e i suoi
ideali che è fermamente decisa a seguire fino in
fondo.
La White Base, lasciata New Texas, si unisce alla maggior
parte della flotta federale per partecipare all'operazione
Star One; qui Bright viene a sapere dal comandante della
flotta, Wackein, che l'obiettivo dell'esercito è
la Base Salomone, uno dei tre centri militari più
importanti di Zion con la base lunare di Granada e A Bao
A Qu. L'attacco inizia con un impego massiccio di forze
da entrambe le parti: si vedono in azione numerosissimi
GM e space pod Ball da parte della Federazione. Dopo qualche
tempo dall'inizio delle ostilità la Federazione colpisce
l'asteroide con il Solar System, un sistema formato da circa
4 milioni di specchi che concentrano la luce solare in un
solo punto,provocando una strage nella flotta di Zion. Il
comandante di Salomone, Dozul Zabi,evacua la moglie e la
filgia Mineva imbarcandole in una capsula di salvataggio
e si mette quindi alla guida di un terribile Mobile Armour,
il Big Zam.Intanto Ayato resta ferito in battaglia.
Prosegue incessantemente l'attacco alla fortezza Salomone.Durante
la sua breve permanenza alla White Base, Sleggar ha finito
per innamorarsi di Mirai. Prima di ripartire sul Core Booster
dopo una sosta di rifornimento anche Mirai dichiara esplicitamente
i suoi sentimenti e Sleggar le lascia un prezioso anello,
unico ricordo della madre. Intanto Gundam e i GM federali
sono riusciti ad entrare nella fortezza Salomone ma il Big
Zam, il potentissimo Mobile Armour dotato di acuminati artigli
che lo stesso Dozul pilota,incenerisce letteralmente ogni
Mobile Suit che incontra e sembra impossibile affrontarlo.
Dopo l'ennesimo attacco con il Solar System le truppe di
Zion, Big Zam incluso, si dirigono nello spazio; Amuro decide
di uscire ad affrontare il Mobile Armour e Sleggar,per permettere
a Gundam di realizzare un attacco vincente, rischia la propria
vita portandosi a distanza ravvicinata con il Big Zam. La
cabina di guida di Sleggar viene schiacciata letteralmente
dagli artigli del Big Zam e Sleggar è risucchiato
nello spazio; il suo gesto eroico permette però ad
Amuro di colpire il Mobile Armour di Zion nel suo punto
debole.Dopo un duro scontro il Big Zam viene abbattuto e
Dozul perde la vita. Salomone viene conquistata dalla Federazione
che lo usa come base d'appoggio.
Salomone è ora occupata dell'esercito federale,
tuttavia la situazione non è affatto tranquilla:
gran parte della sua flotta è stata misteriosamente
abbattuta da una serie di misteriose esplosioni accompagnate
dal suono straziante di un pianto di donna. La tremenda
azione è opera di Lalah Sun, che ha usato i suoi
poteri di newtype a bordo dell'Ermes, un Mobile Armour estremamente
potente e dotato di sistemi psycho-mu. La guerra prosegue:
Kirisha e Char devono frenare la flotta della Federazione
durante la sua marcia verso Side 3.Lalah e Amuro, entrambi
usciti in combattimento durante un nuovo attacco di Char
alla White Base,entrano nuovamente in contatto psichico
riuscendo a fondere in armonia i loro sentimenti. Char approfitta
del momento di disattenzione di Amuro per attaccarlo, ma
questi riesce a evitare il peggio e a trafiggerlo con la
sua spada laser. Propio nel momento in cui Amuro sta per
spedire all'inferno la Cometa Rossa, l'Ermes di Lalah si
frappone tra i due Mobile Suit disintegrandosi. Amuro viene
colpito da un dolore mai provato prima d'ora a causa della
morte della sua anima gemella spirituale. Intanto Degin
Zabi,stanco della guerra,si incontra con Revil per firmare
un trattato d'armistizio con l'esercito federale, ma le
truppe di Zion non sembrano molto intenzionate a rinunciare
all'uso delle armi: proprio in quel momento,quando la pace
sembrava vicina,un lampo illumina lo spazio: il Solar Ray
è entrato in azione pronto a seminare morte.
Il Solar Ray si è abbattuto sul luogo in cui Degin
Zabi e Revil si sono incontrati per firmare l'accordo di
pace provocando una strage tremenda in cui hanno perso la
vita le due autorità; Giren Zabi pur di proseguire
la guerra è stato disposto a sacrificare crudelmente
la vita del padre. Intanto le truppe federali iniziano l'attacco
ad A Bao A Qu e l'impiego di forze da parte della Federazione
è così massiccio che dopo breve tempo riescono
a superare l'incredibile difesa di Zion e a giungere sulla
base spaziale (anche se a fronte di numerose perdite). Kishiria,
infuriata contro il fratello Giren che ha ucciso senza pietà
il loro genitore, gli punta contro la pistola freddandolo
ed assume il comando delle operazioni. Deciso a scontrarsi
per l'ultima volta con Amuro, Char sale a bordo del nuovo
mobile suit Ziong, dotato di sistema psycho-mu; il mezzo,
seppur dotato di armi eccezionali, non è stato tuttavia
completato al 100% e Char si trova in notevole difficoltà
ad affrontare Gundam.
Lo scontro tra Gundam e Ziong termina con la distruzione
del Mobile Suit di Char e con il danneggiamento quasi totale
di Gundam; Amuro e Char abbandonano i loro Mobile Suit per
affrontarsi corpo a corpo, prima con le pistole laser poi
a colpi di spada. Intanto la White Base è riuscita
a penetrare su A Bao A Qu ma viene immediatamente accerchiata
dalle truppe di Zion che la bersagliano incessantemente
con ogni tipo di arma a disposizione. Seyla, percependo
la presenza del fratello, esce a cercarlo e lo trova mentre
si sta scontrando con Amuro: prima che riesca a dividere
i due Amuro e Char si feriscono reciprocamente e subito
dopo una forte esplosione scaglia lontano i due contendenti.
Char Aznable decide di abbandonare il duello con Amuro:
la fortezza sta per esplodere e il suo scopo è quello
di eliminare Kishiria prima che possa fuggire; rintracciata
la Zanzibar a bordo della quale la figlia di Degin Zabi
sta per salpare la fa esplodere con un colpo di bazooka.
La White Base soccombe intanto sotto la pioggia di proiettili
di Zion e anche i Guncannon 108 e 109 vengono distrutti.
Amuro ormai sfinito contatta telepaticamente tutti i suoi
amici più cari e li guida ad uno ad uno verso la
navetta di salvataggio mentre la White Base esplode tra
le fiamme; poi, distrutto dalla fatica, a bordo del Core
Fighter si lascia galleggiare nello spazio. Dopo l'esplosione
di A Bao A Qu, quando tutti ormai piangono la sua morte,
Amuro compare improvvisamente fluttuando con il Core Fighter
ormai inutilizzabile attorno all'area dove stazionano le
navette di salvataggio e si lascia cadere tra le braccia
dei suoi compagni. Nel Gennaio dello 0080 il principato
di Zion firma a Granada la resa. Finisce così la
"Guerra di un anno".