L'Encierro è il momento  più famoso e conosciuto dei "sanfermines" e il vero motivo per il quale molti stranieri si recano a Pamplona il 6 di luglio.

Consiste nel correre davanti ai tori un pezzo di strada  staccionata, ed il fine è quello di portare i tori dal corral di Santo Domingo fino alla Plaza de toros dove, alla sera, saranno di scena. Lungo il tragitto  corrono in totale sei tori e due branchi di manzi, il percorso scorre per diverse vie del "casco viejo" della città, misura 825 metri.
Questa corsa pericolosa si celebra tutte le mattine dal 7 al 14 di luglio, comincia alle h. 8,00, anche se i corridori dovranno essere entrati dentro al percorso prima delle 7,30. Alcuni minuti prima dell'inizio, i giovani (di Pamplona) che si recano a correre,  invocano la protezione di San Fermín, cantando per tre volte davanti una immagine del Santo adornata con i fazzoletti delle "peñas" che si trovano nella "cuesta de Santo Domingo". il canto dice così:

"a San Fermín chiediamo, essendo nostro patrono, di guidarci nell'encierro dandoci la sua benedizione".
Alle otto in punto viene sparato un primo razzo che annuncia l'apertura della porta dei corral di Santo Domingo, mentre un secondo sparo indica che tutti i  tori sono usciti. a partire da allora il percorso che i tori seguono è il seguente: salgono per la salita di Santo Domingo e attraversano la piazza del municipio  per infilarsi poco dopo nella Calle Mercaderes. una curva chiusa è all'entrata di Calle Estafeta, la più lunga del percorso e che porta fino al "Callejón" della Plaza de toros. una volta che  tutti i tori entrano nella plaza viene esploso un terzo razzo mentre il quarto indica che i tori sono entrati nei corrals e che l'encierro è terminato.
La corsa ha una durata media di tre minuti, che si prolungano se qualche toro si separa dagli altri. tutto il percorso è pericoloso, ma soprattutto la curva della "Calle Mercaderes" e il tratto compreso fra la "Calle  Estafeta" e la Plaza sono quelli che comportano più rischio.
Attualmente, la moltitudine di persone è uno dei principali problemi dell'encierro e accresce la pericolosità della corsa nella quale i giovani non dovranno correre più di 50 metri davanti ai tori.
Tutti i tratti del percorso sono vigilati da un ampio dispositivo di sicurezza e vigilanza medica. nonostante, la pericolosità della corsa fra il 1924 e 1997 si sono registrate un totale di 14 morti e più di 200 feriti.

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