Dal primo chiostro a destra, si passa all'ex refettorio, oggi sede del museo.
Fra le opere indichiamo:
Giovanni Cimabue - Crocifisso (1280 circa)
Taddeo Gaddi - Ultima Cena e L'Albero della Croce (1350)
Andrea Orcagna - Giudizio Universale
Donatello - San Ludovico da Tolosa (bronzo del 1423)
Domenico Veneziano - Ss. Giovanni battista e Francesco
Maso di Banco - Incoronazione della Vergine

Magnifico sfondo per il chiostro è rappresentato dalla Cappella de' Pazzi. Qui, come già nella Sagrestia di San Lorenzo, Filippo Brunelleschi può realizzare il suo ideale di architettura sacra, vale a dire un edificio a schema centrale sormontato da una cupola e da una lanterna. Questa cappella, fatta costruire dall'illustre famiglia rivale dei Medici, è un gioiello di grazia e di eleganza ed una delle sue opere più originali.