Tutte queste armi chimiche, così sofisticate ed efficienti, distruggono alcune zone di gel protettivo. Il germe trova la strada libera, penetra sotto lo strato mucoso, vacuolizza le  cellule ed elimina le giunzioni intercellulari. La mucosa perde la sua continuità, e  cominciano a presentarsi piccole aree erose. La reazione dell'organismo non si fa attendere:  la zona compromessa è invasa da macrofagi e linfociti, che costituiscono degli infiltrati  parvicellulari. L'attività fagocitaria è molto intensa, tale da compromettere anche le cellule  ghiandolari, con conseguente atrofia. I fibroblasti provvedono a riparare il danno, ma il  rimedio serve solo ad aggravare la distruzione della mucosa. A questa risposta immunitaria  di tipo cellulare si sovrappone una reazione umorale, con produzione di anticorpi specifici. Compaiono da prima, anche se fugacemente, le IgM, poi vengono sintetizzate le IgG. Il  significato funzionale della trasmissione in circolo di tali sostanze è semplicemente quello di una reazione ad uno stimolo. In altre parole, gli anticorpi non espletano alcuna funzione  protettiva, né servono ad immunizzare l'organismo contro l'Helicobacter. La concentrazione  di anticorpi circolanti è direttamente proporzionale all'entità della malattia ed al numero di  germi presenti nello stomaco. Se l'infezione viene affrontata con antibiotici specifici la  carica batterica si attenua fino a scomparire, lo stesso fenomeno si riscontra a livello  anticorpale: le IgG, che prima della terapia erano presenti nel sangue in concentrazione  elevata, gradualmente diminuiscono e dopo alcuni mesi non sono più riconoscibili. Il  pepsinogenol-1 (PG-1) si comporta in maniera sovrapponibile a quella degli anticorpi, nel senso  che in presenza di Helicobacter fa riscontrare valori sensibilmente elevati, che rientrano  nell'ambito della normalità a guarigione avvenuta. Secondo alcuni ricercatori, il dosaggio del  PG-1 rappresenterebbe una prova più sensibile, anche se meno specifica, del dosaggio degli  anticorpi anti Helicobacter. Occorre tenere nel debito conto queste indagini, perché esse  servono non solo a convalidare la diagnosi di lesione flogistica o ulcerosa, ma anche a  prevenire il carcinoma gastrico, di cui l'ulcera costituisce in molti casi il focolaio di partenza. 
La cura dell'infezione da Helicobacter, ossia la cura dell'ulcera e di alcune forme  infiammatorie del tratto gastro-duodenale, nonché la prevenzione del tumore, si basa sulla  somministrazione di antibiotici. E' opportuno far presente che dette sostanze, a causa  dell'acidità del contenuto dello stomaco, perdono buona parte della loro efficacia. D'altra  parte , non è agevole modificare l'ambiente gastrico; persino la ranitidina, un farmaco che  possiede un'elevata affinità verso i recettori H2 e compete selettivamente con l'istamina,  attenua solo in parte l'acidità, e non sempre riesce a consentire agli antibiotici di estrinsecare  i loro effetti sul germe. Un'ulteriore complicazione è rappresentata dal fatto che il  microrganismo si trova al di sotto dello strato di muco, e quindi non è facilmente  raggiungibile. 
Un protocollo diagnostico e terapeutico formalizzato recentemente prevede innanzitutto che  l'orientamento nosologico, che scaturisce dall' anamnesi e dell' esame clinico del paziente,  venga convalidato dalla ricerca degli anticorpi specifici anti Helicobacter. Se quest'indagine  dà esito positivo, nel senso che gli anticorpi sono presenti, si provvede alla somministrazione, per due settimane, di subcitrato di bismuto, metronidazolo ed amoxicillina. Le ultime due  sostanze hanno effetto antibiotico, mentre il subcitrato di bismuto agisce sia come  cicatrizzante che come antibatterico. 
Il dosaggio degli anticorpi viene ripetuto sei settimane, sei mesi e dodici mesi dopo l'inizio  della terapia: la loro definitiva scomparsa indica che la cura dell'infezione ha dato esito  favorevole. 
Fra le specialità che contengono subcitrato di bismuto (biskalammonio citrato) ricordiamo il  De-Nol della Brocades, in confezione da 40 compresse da 3000 mg. La posologia è di 2 cpr 2  volte al giorno, o di 4 cpr 4 volte al giorno, da assumere a stomaco vuoto. 
Fra le specialità che contengono metronidazolo ricordiamo: Deflamon (SPA), Flagyl  (Farmitalia) e Vagilen (Farmigea), tutte in confezione da 20 compresse da 250 mg. La  posologia è di 2 cpr al giorno, l'una al mattino, l'altra alla sera. 
Fra le specialità che contengono amoxicillina ricordiamo: Amox (Salus), Amoxipen (Gibipharma), Sintopen (Mitin), tutte in confezioni da 12 capsule da 500 mg. La posologia è  di 1 cps ogni 8 ore.