A questa denominazione ha dato ulteriore motivo e forza il massacro di un centinaio di persone avvenuta nella chiesa la notte di Natale del 1930 nel contesto  della guerra tra Guelfi e Ghibellini che opponeva  a Mendrisio la famiglia dei Rusca, proprietaria di Castel San Pietro, a quella dei Busioni.

La Chiesa Rossa è un monumento protetto a livello federale e cantonale.

Le strutture murarie, gli affreschi sono state restaurate negli anni 1997 - 1999 con l'aiuto finanziario determinante della Confederazione del Cantone e del Comune di Castel San Pietro.