Vendicari, come "zona umida costiera", è ricca di acque, ma questa abbondanza è sminuita ecologicamente dal loro alto tenore di salinità. Pertanto vi possono vivere solo le piante (ma vale anche per gli animali) in grado di adattarsi a questo parametro e lo fanno in due modi diversi: diventando alofite o succulente.
Un altro fattore ambientale fortemente discriminante è la consistenza del substrato su cui si insediano le piante: substrato roccioso e substrato sabbioso.
Se
analizziamo le vegetazioni di un tratto roccioso, procedendo dal mare verso
l'interno, riscontriamo la seguente serie: dopo una breve striscia afitotica,
interessata dalla escursione di marea e dagli spruzzi delle onde più
violente durante le mareggiate, si afferma una stretta (da 2 a 10 metri)
fascia di vegetazione alofila-rupestre in cui domina il Finocchio di mare
(Crithmum
maritimum), la Cicoria spinosa (Cicorium spinosum),
Limonium
syracusanum e L. virgatum.
A stretto contatto con questa fascia alofilo-rupestre si stende una stretta fascia a gariga costituita da bassi cespugli a cuscino di Timo (Timus capitatus), Spinaporci (Sarcopoterium spinosum), Palma nana (Chamaerops humilis), Spazzaforno (Thymelaea hirsuta), Teucrium fruticans, fra cui abbondano le geofite come la magica Mandragora (Mandragora autunnalis), l'elegante Giaggiolo bulboso (Iris planifolia), molte meravigliose orchidee. Questa gariga verso l'interno passa a macchia con la dominanza di Lentisco (Pistacia lentiscus), Oleastro (Olea europea sylvestris), Fillirea (Phyllirea angustifolia), Mirto (Myrtus communis), Scilla (Urginea maritima) ed ancora Palma nana.
Se analogamente analizziamo un tratto
di costa sabbiosa troviamo la seguente sequenza: dopo la zona 
afitotica
incontriamo una vegetazione psammofila effimera la quale, oltre che sulla
sabbia, si insedia sui resti organici (alghe, rami, fibre di Posidonia,
ecc.) spiaggiati dal mare. Poche, ma significative le specie: Cakile
maritima; Salsola kali, Euphorbia peplis, Polygonum maritimum. Seguono
le associazioni psammofile perenni. Fra le specie più presenti ricordiamo:
Agropyrum
junceum mediterraneum, Sporobolus arenarius, Eryngium maritimum, Echinophora
spinosa, Cyperus callii, Cutandia maritima, Ammophila arenaria arundinacea,
Medicago marina, Larenea resedifolia, Pancratium maritimum. Alle spalle
di queste associazioni, in posizione più riparata rispetto al mare,
si insedia una peculiare vegetazione: la macchia a Ginepro coccolone,
dominata ovviamente da questa specie (Juniperus macrocarpa), ma
con una ricca corte di altre essenze: Ephedra fragilis, Pistacia lentiscus,
Phyllirea angustifolia, Clematis cirrhosa, Rosmarinus officinalis,
ecc.
Man
mano che ci allontaniamo dal mare e ci avviciniamo ai pantani la vegetazione
diventa igrofila, ma sempre alofila e lungo le loro rive forma ampie praterie
a Salicornia nelle quali, oltre a Salicornia fruticosa e S. radicantis,
possiamo riscontrare Hyparrhenia hirta, Lotus edulis, Stipa retorta,
Trifolium stellatum, Iris sisyrinchium, oppure Arthrocnemum glaucum,
Juncus subulatus, Limonium serotinum, Suaeda vera.
Nella parte centrale dei pantani, che rimane inondata per lunghi periodi, troviamo una vegetazione sommersa, quindi non appariscente sopra il pelo dell'acqua, costituita da Ruppia maritima, Potamogeton pectinatus, Lamprothamnium papulosum.
A ridosso delle rive interne dei pantani si insedia una vegetazione a Scirpi, Carici, Giunchi, ma soprattutto Cannuccia (Phragmites australis) e, dove l'acqua è dolce, Canna domestica (arundo donax) che, con ampi popolamenti, segna vistosamente il confine tra la Riserva dominata da paesaggi naturali e la preriserva dominata da paesaggi costruiti (paesaggi rurali).
All'interno della Riserva esistono anche poche piante esotiche (Agave sisalana, Acacia orrida, Eucalipto, ecc.) introdotte dall'uomo soprattutto a scopi agricoli (frangivento) od ornamentali.
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