Anche l'anidride carbonica, indicata con la sigla CO2, è un elemento presente nell'acquario ed è il risultato del processo di "respirazione" dei pesci, delle piante (di notte) ed altri elementi decomposti nell'acquario. L'anidride carbonica, insieme ai carbonati, è importante per mantenere regolare l'acidità dell'acqua nonché per le piante, perché consente alle stesse di metabolizzare le sostanze nutritive disciolte nell'acqua, facendole crescere sane e rigogliose. Il suo valore deve essere compreso fra 25 e 35 mg. per litro d'acqua. Anche se facciamo regolarmente il ricambio dell'acqua dell'acquario, i residui di mangime, gli escrementi dei pesci e la decomposizione di foglie di piante, producono alcuni composti dell'Azoto che, scomposti in fasi successive, entrano nell'acquario, inquinandolo. La prima fase di produzione genera ammoniaca tossica (NH3) oppure ammonio non tossico. L'elemento prodotto dipende dal valore del pH del nostro acquario che se supera il pH 7 darà ammoniaca tossica e se, invece, è inferiore produrrà ammonio non tossico. L'ammoniaca è pericolosa per un acquario: una concentrazione di 0,1 mg. per litro di acqua, a lungo andare, può avere effetti nocivi sui pesci; valori di 0,5 mg. per litro di acqua, possono essere fatali. Nel caso si verifichino concentrazioni elevate di ammoniaca tossica, occorre immediatamente effettuare un ricambio d'acqua, proporzionato al grado di inquinamento dell'acqua dell'acquario. Lo stadio intermedio del processo di decomposizione dell'Azoto genera, inizialmente, i nitriti (NO2). Con un filtro biologicamente attivo, ossia correttamente funzionante, l'acqua dell'acquario dovrebbe contenere concentrazioni di nitriti inferiori a 0,1 mg. per litro d'acqua. Comunque, i nitriti non devono superare il valore di 0,25 mg. per litro d'acqua. Un valore di 0,5 mg. per litro d'acqua, invece, a lungo andare può avere effetti nocivi per i pesci. Anche in questo caso, se si verificano concentrazioni elevate di nitriti, occorre immediatamente effettuare un ricambio d'acqua, proporzionato al grado di inquinamento dell'acqua dell'acquario. Nella fase finale di decomposizione dell'Azoto, i nitriti vengono trasformati in nitrati (NO3). Questi, in basse concentrazioni, non sono pericolosi per l'acquario anzi, rappresentano un nutrimento per le piante da acquario. Tuttavia, il test sui nitrati non deve superare il valore di 25 mg. per litro d'acqua (acqua incontaminata). Valori compresi fra 50 e 100 mg. per litro determinano acqua contaminata ed è necessario un ricambio parziale dell'acqua nell'acquario. Valori superiori a 100 mg. per litro d'acqua determinano, infine, acqua altamente inquinata, dannosa per piante e pesci. E' necessario cambiare gran parte dell'acqua nell'acquario. Un segnale di allarme: la proliferazione sulle foglie delle piante, sui fondali e sulle pareti dell'acquario di alghe, può essere il sintomo della presenza di elevate concentrazioni di nitrati e fosfati (PO4). Questi ultimi sono un altro degli elementi il cui valore di concentrazione va controllato periodicamente. I fosfati possono essere presenti nei mangimi, nei concimi usati per le piante o per la presenza di un numero elevato di pesci nella vasca. Nell'acquario, la presenza di fosfati non deve essere superiore il valore di 1 mg. per litro d'acqua. Valori superiori, si neutralizzano con un ricambio parziale dell'acqua. Per riassumere: gli elementi che vanno costantemente tenuti sotto controllo, usando i kit per analisi che si trovano in commercio, sono:

I valori GH, KH, pH e CO2 possono essere regolati con specifici additivi che si trovano presso i negozi specializzati in acquariologia. Inquinamento da NH3, NO2, NO3 e PO4 si contrastano con cambi d'acqua e individuando i motivi dell'inquinamento stesso. In commercio, esistono specifiche sostanze che prevengono avvelenamenti dell'acqua con tali sostanze.