La tastiera dell'organo del santuario è formata da tasti in ebano (neri) e osso di bue (bianchi). La particolarità di quest'organo è data dal fatto che i primi 5 tasti (dal do1 al mi1) sono la ripresa del dei tasti corrispondenti del do2 al mi2.
In sostanza: il suono più grave corrisponde al fa1 e non al do1.
Questo mancanza di canne è inspiegabile, dato che esiste nel somiere i fori per il loro  alloggiamento.
Non si capisce se questo è stato una cosa voluta dal costruttore,oppure per evitare un costo troppo elevato(per allora) per la realizzazione di tale strumento con tale estensione.
Inoltre la pedaliera, è accoppiata meccanicamente con la tastiera, cioè  quando viene suonata, automaticamente si abbassano anche i tasti della prima ottava (dal do1 al si1), ottenendo un pieno sul grave.

PEDALIERA:la pedaliera, non è molto estesa, e non è disposta a ventaglio come le attuali.
Gli ultimi 3 pedali (vedasi dettaglio foto a destra) fungono da tre registri inseribili:
-OTTAVINO SOPRANO
-TIMPANONE
-TERZA MANO
Quest'ultimo è una funzione meccanica, che raddoppia le note suonate.
Vi sono inoltre altri 2 pedali, laterali alla tastiera:
una serve per inserire una serie di registri detta "COMBINAZIONE LIBERA", dove l'organista può inserire a piacimento diverse file di canne/suoni, e l'altra è il "RIPIENO ITALIANO" dove una staffa sposta simultaneamente + registri creando il famoso Ripieno Italiano (cioè senza le file denominate di ripieno classiche)
E' da ricordare che questi pedali,sono tutti comandi meccanici,e che per l'esecutore alle volte possono essere scomodi da togliere e inserire.

I registri dell'organo del Santuario, sono disposti in due file di comandi meccanici, delle "leve di inserimento registri".Per fissare il loro inserimento, si muove la leva da destra a sinistra,agganciandola ad uno scavo presente alla fine del binario di scorrimento.
Invece per inserire i registri in COMBINAZIONE LIBERA, bisogna, selezionare le leve, dal loro stato di riposo (cioè non inserite),portandole verso l'esterno, ed infine commutarle con l'apposito pedale laterale detto appunto "COMBINAZIONE LIBERA"
Giocando con questo meccanismo, l'organista può sfruttare 2 combinazioni pre-selezionate di registrazione fonica.
La disposizione fonica dello strumento è la seguente:

PARTE SINISTRA LEVE                    PARTE DESTRA LEVE

FLAUTO TRAVERSO SOPRANO
TROMBE SOPRANE
FAGOTTO DI CONCERTO BASSO
CORNO INGLESE SOPRANO
VIOLONCELLO BASSO
VIOLINO SOPRANO
VIOLA BASSA
FLAUTO IN 8va SOPRANO
FLAUTO UN 12ma SOPRANO
OTTAVINO SOPRANO
VOCE UMANA
TIMPANI
TERZA MANO

PRINCIPALE BASSO
PRINCIPALE SOPRANO
PRINCIPALE 2 BASSO
PRINCIPALE 2 SOPRANO
OTTAVA BASSA
OTTAVA SOPRANA
QUINTA DECIMA BASSA
QUINTA DECIMA SOPRANO
DECIMA NONA
VIGESIMA SECONDA
VIGESIMA SESTA VIGESIMA NONA
TRIGESIMA TERZA TRIGESIMA SESTA
CONTRABBASSI ED OTTAVE

Il registro "TERZA MANO" equivale al pedale descritto in precedenza, e i registri "TIMPANI"e "CONTRABBASSI ED OTTAVE" si possono suonare solo alla pedaliera.La particolarità di quest'organo (come in tutti gli organi antichi perfettamente conservati e funzionanti) è quella di avere i registri "spezzati": in  sostanza il termine "BASSO" equivale suonare le file di canne dal do centrale a scendere,mentre il termine "SOPRANO", dal do centrale a salire.
In conclusione: per suonare un registro completo alla tastiera , ad es. "PRINCIPALE", bisognerà inserire sia il "PRINCIPALE BASSO" che il "PRINCIPALE SOPRANO"

Particolare canne in legno del registro "CONTRABBASSI ED OTTAVE" al pedale